11Сен

Пол биохимия расшифровка: ПОЛ (перекисное окисление липидов)

Содержание

ПОЛ (перекисное окисление липидов)

Исследование, направленное на выявление в образце крови продуктов перекисного окисления липидов и их активности в целях оценки роли данных веществ в реакциях окислительного повреждения клеток организма (так называемого окислительного стресса).

Синонимы русские

Перекисное окисление липидов; оценка окислительного повреждения (окислительного стресса).

Синонимы английские

Lipid peroxidation; assessment of oxidative damage (oxidative stress).

Метод исследования

Спектрофотометрия.

Единицы измерения

Мкмоль/л (микромоль на литр).

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Венозную кровь.

Как правильно подготовиться к исследованию?

  • Детям в возрасте до 1 года не принимать пищу в течение 30-40 минут до исследования.
  • Не принимать пищу в течение 2-3 часов до исследования, можно пить чистую негазированную воду.
  • Не курить в течение 30 минут до исследования.

Общая информация об исследовании

Перекисное окисление липидов – это химический процесс, каскад реакций превращения липидов (поступающих с пищей или синтезированных в организме) с участием свободных радикалов – активных заряженных молекул. Так как липиды — компоненты мембран всех клеток организма, реакции перекисного окисления могут приводить к нарушению их структуры и повреждению клетки, что является одним из механизмов патогенеза ряда заболеваний.

Реакции ПОЛ постоянно происходят в организме в норме в определенной степени, которая не должна превышаться во избежание их повреждающего действия. Перекисное окисление липидов играет важную роль для процесса апоптоза, регулирования структуры мембран и их функций (презентация рецепторов, работа ионных каналов, высвобождение биологически активных веществ, передача сигналов между клетками и т.д.).

Чрезмерная активность ПОЛ может приводить к разрушению мембраны клетки, проникновению или выходу из нее веществ, которых не должно быть в норме, что ведет к нарушению жизнедеятельности клеток (их преждевременное старение, разрушение, измененные функции передачи веществ, связывания ферментов и рецепторов). Повышенная активность ПОЛ может быть причиной развития сердечно-сосудистых заболеваний (атеросклероза и сопутствующей патологии), поражения ЦНС, воспалительных процессов, заболеваний респираторного тракта, одним из факторов новообразований, нарушения функции иммунной системы.

В организме в роли ингибирующего фактора (т.е. сдерживающего реакции ПОЛ) выступает антиоксидантная система. Таким образом, патологические реакции перекисного окисления липидов могут быть как при чрезмерной активности самих этих процессов, так и при недостаточности работы антиоксидантной системы.

Исследование позволяет оценить количественно, насколько активно протекают реакции ПОЛ в организме и насколько с ними справляются собственные защитные системы организма. Такой анализ продуктов перекисного окисления липидов играет важную роль в определении связи их повреждающего действия с возникновением, развитием или прогрессированием того или иного заболевания. Исследование проводится методом спектрофотометрии, основанным на изучении физико-химических свойств веществ, в частности их спектров поглощения. Таким способом из образца венозной крови пациента выделяются анализируемые вещества, а затем происходит их количественный подсчет, выражаемый в мкмоль/л. Спекрофотометрический метод оценки продуктов перекисного окисления липидов — достаточно современный и точный (погрешность составляет +/- 5,2 %), отличается высокой специфичностью (за счет использования определенных длин волн), чувствительностью (1,0 нмоль/л) и достоверностью, о чем свидетельствует низкий процент ложноположительных и ложноотрицательных результатов (достоверность более 90 %).

Таким образом, анализ продуктов реакций ПОЛ позволяет понять механизмы развития серьезных заболеваний, определить так называемый маркер окислительного стресса организма. При своевременно выявленном нарушении есть возможность оптимально подобрать лечение и предотвратить развитие заболевания, его прогрессирование, направить его течение по более благоприятному варианту. Следует отметить, что интерпретация результата осуществляется только врачом с учетом всех имеющихся данных анамнеза и других методов диагностики.

Для чего используется исследование?

  • Для диагностики оксидативного стресса и степени интоксикации организма вследствие повышенной активности реакций перекисного окисления липидов.
  • Для выявления дефицита антиоксидантной системы и оценки риска заболеваний, ассоциированных с ее недостатком (заболевания сердечно-сосудистой системы, иммунодефициты, доброкачественные и злокачественные опухоли, гормональные нарушения, аутоиммунные заболевания, воспалительные процессы и др.).
  • Для выявления генетических форм дефицита ферментов.

Когда назначается исследование?

  • При заболеваниях сердечно-сосудистой системы (атеросклеротическое повреждение сосудов, ишемическая болезнь сердца, гипертоническая болезнь).
  • При метаболических заболеваниях (в первую очередь, при сахарном диабете).
  • При предраковых заболеваниях и злокачественных новообразованиях.
  • При заболеваниях дыхательной системы (ХОБЛ, бронхиальная астма).
  • При поражении ЦНС (болезнь Паркинсона, болезнь Альцгеймера, ОНМК, энцефалопатии).
  • При аутоиммунных заболеваниях (ревматоидный артрит, системная красная волчанка, диффузная склеродермия).
  • При бесплодии и привычном невынашивании беременности.
  • При хронических инфекциях и воспалительных процессах.
  • При подозрении на врождённый дефицит ферментов.

Что означают результаты?

Референсные значения: 2.2 – 4.8 мкмоль/л.

При повышении результата относительно референсного диапазона можно рассматривать процесс перекисного окисления липидов как фактор развития или прогрессирования какого-либо патологического процесса. Это позволяет подбирать терапию, исходя из патогенетического процесса, т.е. механизма развития патологии, что делает ее наиболее оптимальной.

Свободные жирные кислоты (НЭЖК или СЖК) суммарно – субстрат ПОЛ — в крови

Свободные жирные кислоты (далее -НЭЖК) –являются маркером обмена липидов (жиров) в организме человека.

НЭЖК (неэтерифицированные жирные кислоты) образуются при расщеплении жировых отложений и поступают в кровь, откуда транспортируются в мышцы и печень, где участвуют в образовании необходимых для организма веществ. Так, например, при попадании свободных жирных кислот (далее — СЖК) в мышцы, они участвуют в синтезе АТФ (аденозинтрифосфорной кислоты), которая является универсальным источником энергии для всех биохимических процессов, протекающих в организме. При попадании в печень их функция состоит в образовании триглицеридов и фосфолипидов, которые участвуют в синтезе холестерина. Утилизация происходит в мышцах и печени, куда они транспортируются в форме свободных (неэтерифицированных) жирных кислот при помощи переносчика (альбумина).

 

Свободные жирные кислоты, и особенно, олеиновая, пальмитиновая, линолевая накапливаются в жировой ткани в виде триглицеридов. Скорость мобилизации триглицеридов зависит от активности гормончувствительной липазы, активность которой увеличивается под действием глюкокортикодов и норадреналина. В конечном счете реакции липолиза приводят к увеличению содержания СЖК в крови и глицерина. Липолиз (распад жиров на свободные жирные кислоты) активируется при сахарном диабете первого типа (в условиях дефицита инсулина), стрессе, голодании.

 

Свободные жирные кислоты являются необходимыми компонентами в пище человека, участвуют в образовании биологически активных веществ. К основным физиологически важным ненасыщенным жирным кислотам относятся – пальмитиновая, олеиновая, эруковая, линолевая, линоленовая, арахидоновая. В покое СЖК окисляются в основном в печени и сердечной мышце. При нагрузке окисление возрастает в скелетной мускулатуре.

 

Вторично, количество свободных жирных кислот в крови может увеличиваться при феофромоцитоме и уменьшаться при муковисцидозе.
 

Своевременное определение концентрации СЖК является важным этапом в диагностике и терапии целого ряда серьёзных заболеваний. Повышение содержания свободных жирных кислот в плазме крови является независимым фактором риска внезапной смерти. Исследование лиц страдающих сахарным диабетом 2-го типа выявило, что повышенный натощак уровень СЖК – фактор риска развития сахарного диабета 2-го типа. Доказано, что высокие концентрации СЖК на протяжении длительного времени оказывают токсический эффект на клетки поджелудочной железы, что приводит к подавлению секреции инсулина. Липтоксичный эффект затрагивает также клетки сердца, печени, что ведет к их повреждению.

Существенное повышение свободных жирных кислот в плазме крови происходит при феохромоцитоме (опухоли мозговой части надпочечника).

Показания к назначению

  • Выявление риска сердечно-сосудистых заболеваний;
  • Диагностика феохромоцитомы, гипертиреоза, муковисцидоза;
  • Ранняя диагностика инсулинорезистентности;
  • Определение риска развития ожирения.

Подготовка
Кровь желательно сдавать в утренние часы с 8 до 12. Между последним приёмом пищи и взятием крови должно пройти не менее 8 часов. Допускается употребление воды без газа и сахара.

Накануне проведения исследования необходимо исключить эмоциональные и физические нагрузки, спортивные тренировки, курение.
 

Интерпретация результатов

Увеличение содержания

Вторичные причины повышения свободных жирных кислот:
 

  • Феохромоцитому.
  • Ожирение.
  • Гипертиреоз.
  • Хорею Гентингтона.
  • Болезнь Гирке.
  • Алкоголизм.
  • Некотролируемый сахарный диабет.
  • Острый инфаркт миокарда.
  • Печеночную энцефалопатию.
  • Синдром Рейе.
  • Стресс.
  • Интенсивную физическую нагрузку.
  • Длительное голодание.

Уменьшение содержания:
 

  • Муковисцидоз.

Факторы, приводящие к повышению результата:
 

  •  Прием амфетаминов, бензихамида, кофеина, карбутамида, празозина, резерпина, теофиллина, применение пероральных контрацептивов, злоупотребление алкогольными напитками
  • Курение (никотин).
  • Адреналин.
  • Глюкоза.
  • Гормон роста.
  • Гепарин.

Факторы, понижающие результат:
 

  • Прием препаратов снижающих сахар крови (глиборнурид, инсулин и др.), уровень липидов (клофибрат и др.), аспирина, β-блокаторов, при

— лекция Роль СРО — Биохимия

    БИОХИМИЯ ДЛЯ  СТУДЕНТА
  • Зачем врачу биохимия
  • Общая биохимия
  • Клиническая биохимия
  • Скачать
  • Задачи
Роль свободных радикалов

Роль свободных радикалов

Низкие уровни АФК

Низкие уровни АФК

Высокие уровни АФК

Высокие уровни АФК

Что такое фагоцитоз?

Что такое фагоцитоз?

Респираторный взрыв

Респираторный взрыв

Реакции макрофага

Реакции макрофага

Фагоцитоз

Фагоцитоз

Хронический грануломатоз

Хронический грануломатоз

Антимикробная защита молока

Антимикробная защита молока

Лактопероксидаза

Лактопероксидаза

Механизмы повреждающего действия свободных радикалов

Механизмы повреждающего действия свободных радикалов

Первичные механизмы повреждения

Первичные механизмы повреждения

Перекисное окисление липидов

Перекисное окисление липидов

Стадии перекисного окисления липидов

Стадии перекисного окисления липидов

Инициация и развитие ПОЛ

Инициация и развитие ПОЛ

Разветвление ПОЛ и обрыв цепи

Разветвление ПОЛ и обрыв цепи

Образование малонового диальдегида

Образование малонового диальдегида

Сшивание белков

Сшивание белков

Сшивание белка и фосфолипида

Сшивание белка и фосфолипида

Окисление тиоловых групп

Окисление тиоловых групп

Окисление метионина

Окисление метионина

Повреждение ДНК

Повреждение ДНК

Вторичные механизмы повреждения

Вторичные механизмы повреждения

Перекисная гибель клеток

Перекисная гибель клеток

Образование АФК при ишемии

Образование АФК при ишемии

Всем хорошего настроения!

Всем хорошего настроения!

0
  • < Назад
  • Вперёд >

Найти

  • Карта метаболизма
  • Схема катаболизма
  • Зачем врачу биохимия
  • Общая биохимия
  • Клиническая биохимия
  • Ситуационные задачи
  • Скачать pdf

Общая биохимия

  • Аминокислоты
    • — лекция Аминокислоты
    • — что такое аминокислоты
    • — как лекарства
    • — классификация
    • — протеиногенные
    • — изомерия
    • — амфотерность
    • — пептидные связи
  • Общий обмен аминокислот
    • — лекция Обмен аминокислот
    • — перенос через мембрану
    • — пути превращений
    • — по боковой цепи
    • — расчет количества АТФ
    • — по карбоксигруппе
    • — обезвреживание аминов
    • — по аминогруппе
    • — трансдезаминирование
    • — роль пиридоксина
    • — АСТ и АЛТ в диагностике
    • — креатин и креатинин
    • — особенность мышц
    • — лекция Аммиак
    • — источники аммиака
    • — обезвреживание аммиака
    • — транспорт аммиака
    • — удаление аммиака
    • — гипераммониемии
  • Отдельные аминокислоты
    • — фенилаланин и тирозин
    • — фенилкетонурии
    • — нарушения тирозина
    • — синтез меланинов
    • — аспартат и глутамат
    • — лейцин, валин, изолейцин
    • — обмен триптофана
    • — синдром Хартнупа
    • — серин и глицин
    • — роль метионина
    • — обмен цистеина
    • — взаимосвязь аминокислот
    • — гомоцистеинемия
    • — цистиноз
    • — роль аргинина
  • Строение и свойства белков
    • — лекция Строение белков
    • — функции белков
    • — формирование
    • — первичная структура
    • — вторичная структура
    • — третичная структура
    • — четвертичная струк…
    • — лекция: Свойства белков
    • — свойства белков
    • — свойства растворов
    • — осаждение белков
    • — лекция: Классы белков
    • — классификация
    • — простые белки
    • — понятие лиганда
    • — нуклеопротеины
    • — фосфопротеины
    • — металлопротеины
    • — липопротеины
    • — гликопротеины
    • — хромопротеины
  • Переваривание белков
    • — лекция Переваривание белков
    • — азотистый баланс
    • — качество белка
    • — в желудке
    • — в кишечнике
    • — у детей
    • — проблемы ЖКТ
  • Витамины
    • — свойства витаминов
    • — гиповитаминозы
    • — витамин А
    • — витамин D
    • — витамин К
    • — витамин Е
    • — витамин F
    • — витамин В1
    • — витамин В2
    • — витамин В3
    • — витамин В5
    • — витамин В6
    • — витамин В9
    • — витамин В12
    • — витамин Н
    • — витамин С
  • Витаминоподобные соединения
    • — биофлавоноиды
    • — убихинон
    • — холин
    • — инозитол
    • — метилметионин
    • — липоевая кислота
    • — карнитин
    • — оротовая кислота
    • — пангамовая кислота
  • Ферменты
    • — лекция Строение ферментов
    • — основы катализа
    • — cвойства катализа
    • — строение ферментов
    • — лекция Свойства ферментов
    • — активность фермента
    • — свойства ферментов
    • — ферментативная кинетика
    • — специфичность
    • — лекция Регуляция ферментов
    • — регуляция ферментов
    • — ингибирование
    • — кинетика ингибирования
    • — энзимопатологии
    • — ферменты в медицине
    • — в промышленности
    • — классификация
    • — оксидоредуктазы
    • — трансферазы
    • — гидролазы
    • — лиазы
    • — изомеразы
    • — лигазы
  • Обмен пиримидинов
    • — переваривание
    • — строение
    • — синтез пиримидинов
    • — синтез d-рибонуклеотидов
    • — синтез ТТФ
    • — регуляция синтеза
    • — распад пиримидинов
    • — нарушения обмена
    • — реутилизация
  • Обмен пуринов
    • — переваривание
    • — строение
    • — синтез
    • — регуляция синтеза
    • — распад пуринов
    • — реутилизация
    • — нарушения обмена
  • Матричные биосинтезы
    • — главный постулат
    • — гибридизация
    • — лекция Синтез ДНК
    • — репликация ДНК
    • — механизм репликации
    • — лекция Синтез РНК
    • — транскрипция
    • — процессинг РНК
    • — регуляция транскрипции
    • — лекция Синтез белков
    • — код жизни
    • — трансляция
    • — процессинг белков
    • — лекарства-регуляторы
  • Углеводы
    • — лекция Классы и переваривание
    • — функции
    • — классификация
    • — моносахариды
    • — дисахариды
    • — полисахариды
    • — как лекарства
    • — переваривание
    • — особенности детей
    • — дефекты дисахаридаз
    • — перенос через мембраны
    • — лекция Моносахариды. Гликоген
    • — взаимопревращение
    • — полиоловый путь
    • — лекция Гликолиз ГНГ Этанол
    • — судьба глюкозы
    • — роль гексокиназ
    • — обмен гликогена
    • — регуляция гликогена
    • — гликогенозы
    • — окисление глюкозы
    • — гликолиз
    • — оксидоредукция НАДН
    • — эффект Пастера
    • — челночные системы
    • — обмен этанола
    • — энергетический эффект
    • — роль глюконеогенеза
    • — реакции глюконеогенеза
    • — субстраты глюконеогенеза
    • — регуляция гликолиз-ГНГ
    • — лекция Регуляция. СД
    • — сдвиги глюкозы крови
    • — контроль глюкозы крови
    • — лекция ПФП
    • — пентозофосфатный путь
    • — особенности ПФП
    • — дефекты пентозного пути
  • Липиды
    • — лекция Классы и строение липидов
    • — классификация
    • — функции
    • — жирные кислоты
    • — эйкозаноиды
    • — фосфолипиды
    • — гликолипиды
    • — липидозы
    • — триацилглицеролы
    • — холестерол
    • — лекция Переваривание
    • — этапы переваривания
    • — переваривание
    • — роль желчи
    • — ресинтез липидов
    • — дефекты переваривания
    • — особенности детей
    • — лекция Обмен жирных кислот
    • — судьба жирных кислот
    • — мобилизация ТАГ
    • — активация ТАГ-липазы
    • — окисление жирных кислот
    • — окисление полиеновых
    • — окисление нечетных
    • — кетоновые тела
    • — синтез жиров в целом
    • — синтез жирных кислот
    • — регуляция обмена ЖК
    • — схема синтеза ТАГ и ФЛ
    • — синтез фосфатидата
    • — синтез триглицеролов
    • — лекция Обмен ФЛ
    • — синтез фосфолипидов
    • — лекция Транспорт ТАГ
    • — транспортные формы
    • — транспорт ТАГ
    • — нарушения обмена ТАГ
    • — лекция Обмен ХС
    • — синтез холестерола
    • — транспорт холестерола
    • — атеросклероз
    • — дислипопротеинемии
  • Общие пути катаболизма
    • — лекция Общие пути катаболизма
    • — этапы катаболизма
    • — источники энергии
    • — окисление пирувата
    • — цитратный цикл
    • — лекция Дыхательная цепь
    • — принцип работы цепи
    • — строение цепи
    • — механизм работы цепи
    • — вращательный катализ
    • — регуляция синтеза АТФ
    • — нарушение дыхания
    • — расчет энергии окисления
  • Окислительный стресс
    • — лекция Атомы и радикалы
    • — строение кислорода
    • — активация кислорода
    • — виды активных радикалов
    • — спонтанный синтез АФК
    • — целевой синтез АФК
    • — синтез эйкозаноидов
    • — побочный синтез АФК
    • — лекция АОС
    • — антиоксиданты
    • — ферменты-антиоксиданты
    • — вещества-антиоксиданты
    • — лекция Роль СРО
    • — последствия АФК
    • — повреждение липидов
    • — повреждение белков
    • — повреждение нуклеотидов
    • — влияние гипоксии
    • — использование АФК
    • — ферменты, использующие АФК
  • Гормоны
    • — лекция 1
    • — лекция 2
    • — лекция 3
    • — классификация
    • — виды рецепторов
    • — рецепторы-ферменты
    • — аденилатциклаза
    • — фосфолипаза С
    • — гуанилатциклаза
    • — цитозольный механизм
    • — иерархия гормонов
    • — роль гипоталамуса
    • — соматотропный гормон
    • — проопиомеланокортин
    • — вазопрессин
    • — гормоны обмена кальция
    • — тиреоидной функции
    • — поджелудочной железы
    • — инсулин
    • — механизмы инсулина
    • — сахарный диабет
    • — катехоламины
    • — кортикоидной функции
    • — минералокортикоиды
    • — репродуктивной системы
  • Цитокины
    • — глоссарий
    • — общая характеристика
    • — свойства
    • — классификация
    • — механизм действия
    • — виды цитокинов
  • Азот крови
    • — состав крови
    • — функции белков крови
    • — фракции белков крови
    • — белки острой фазы
    • — альбумины
    • — альфа1-глобулины
    • — альфа2-глобулины
    • — бета-глобулины
    • — гамма-глобулины
    • — ферменты
    • — остаточный азот
  • Обмен гемоглобина
    • — лекция Обмен гема
    • — гемоглобин, его типы
    • — синтез гема
    • — гемоглобиновые болезни
    • — регуляция оксигенации
    • — механизм газообмена
    • — миоглобин
    • — катаболизм гема
    • — желтухи взрослых
    • — желтухи детей
    • — наследственные желтухи
  • Метаболизм железа
    • — лекция Обмен железа
    • — использование
    • — белки метаболизма
    • — всасывание
    • — транспорт в клетки
    • — регуляция обмена
    • — нарушения
    • — железодефицит у детей
  • Гемостаз
    • — что такое гемостаз
    • — роль печени
    • — сходство белков гемостаза
    • — роль сосудистой стенки
    • — факторы тромбоцитов
    • — тромбоцитарный гемостаз
    • — белки коагуляции
    • — классическая модель
    • — клеточная модель
    • — образование фибрина
    • — антикоагулянтная система
    • — система фибринолиза
    • — болезни гемостаза
    • — лекарства
    • — диагностика
  • Ацидозы и алкалозы
    • — лекция КОС
    • — роль ионов водорода
    • — газы крови
    • — способы компенсации pH
    • — быстрая компенсация
    • — стабильная компенсация
    • — пассивное влияние
    • — анионы крови
    • — показатели КОС
    • — причины изменения КОС
    • — респираторный алкалоз
    • — респираторный ацидоз
    • — метаболический алкалоз
    • — метаболический ацидоз
    • — диагностика нарушений
  • Биохимия почек
    • — роль и обмен воды
    • — лекция Биохимия почек
    • — строение почек
    • — функции почек
    • — ультрафильтрация
    • — реабсорбция
    • — проксимальная часть
    • — петля Генле
    • — дистальные канальцы
    • — конечные отделы
    • — лекции Регуляция воды и натрия
    • — диагностика почек
    • — свойства мочи
    • — еще свойства мочи
    • — источники веществ мочи
    • — неорганические вещества
    • — органические вещества
    • — патологические вещества
  • Биохимия печени
    • — функции печени
    • — строение печени
    • — взаимосвязь обменов
    • — лекция Биотрансформация
    • — удаление токсинов
    • — роль микросом
    • — роль конъюгации
    • — увеличение токсичности
  • Биохимия жировой ткани
    • — типы жировой ткани
    • — резервная функция
    • — липолиз
    • — функции белого жира
    • — эндокринная функция
    • — вещества адипоцита
    • — влияющие факторы
    • — роль гормонов
    • — холостые циклы
    • — влияние образа жизни
    • — бурый и бежевый жир
—>

определение пола ребенка по крови матери в Лаборатории ДНКОМ

Генетическое исследование пола плода (по крови матери) — метод диагностики пола плода, начиная с 10 недели беременности. Анализ даёт достоверный результат с точностью 90–95 %. Анализ основан на выявлении маркёра Y-хромосомы, находящейся в фетальной фракции ДНК. 

Для проведения анализа необходимо предоставить копию УЗИ.

Особенности метода определения пола по крови матери
В отличие от УЗИ, которое даёт ответ на вопрос о половой идентификации ребенка, опираясь лишь на внешнее исследование плода, а также анализ его сердцебиения, кровотоков и других параметров, новая методика использует тот широкий арсенал, которым обладает ДНК малыша.

На ранних сроках беременности в крови матери имеется небольшая концентрация фетальной ДНК плода. Прежде всего, это связано с тем, что кровеносная система плода и матери являются единым целым. При этом, определение пола ребенка по крови, основывается на исследовании ДНК, содержащейся в хромосомах.

Метод определения пола по крови был разработан в 2007 году американской компанией Consumer-GeneticsInc и прошёл международную сертификацию. В настоящее время он применяется диагностическими центрами и лабораториями в США, Японии и многих странах Западной Европы. Главными достоинствами данного теста на определение пола ребенка являются — высокая точность результатов, эффективность даже на ранних сроках беременности, полная безопасность для беременной женщины и плода. Тест проводился среди женщин различного возраста из разных стран мира и доказал свою достоверность.

Порядок проведения теста на точное определение пола
Отличительной особенностью данного анализа является его абсолютная безопасность. Для исследования достаточно сдать кровь из вены, никаких дополнительных подготовок к проведению теста не потребуется. Процедура проведения анализа проводится путём забора крови из вены в процедурном кабинете нашего центра. В экстренных случаях вы можете вызвать лаборанта на дом. Далее проводится исследование фетальной ДНК, выделяемой из крови матери. 

Беременность и определение пола ребёнка
Тест не является обязательной процедурой во время беременности, однако определение пола ребенка на ранних стадиях может выявить определенные риски, связанные со здоровьем новорождённого малыша. Прежде всего, это связано с опасностью унаследовать серьезные генетические заболевания, многие из которых передаются детям определённого пола. К примеру, гемофилией страдают исключительно дети мужского пола, в то время как носителем данного заболевания может быть мать будущего ребёнка. Кроме того, только у мальчиков наблюдается болезнь Клайнфельтера, проявляющаяся нетипично высоким ростом и умственной отсталостью.

Взрослые мужчины, страдающие данным заболеванием, являются бесплодными. Только детям женского пола передаются такие наследственные заболевания, как болезнь Шерешевского-Тернера, основными признаками которой являются умственная отсталость, невысокий рост, а также более низкая линия посадки волос в затылочной зоне. 

Генетическое исследование пола плода (по крови матери) выполняется во всех офисах ДНКОМ.

Показания:

  • генетическое исследование пола плода.
Подготовка
Данный анализ выполняется строго со срока 10 эмбриональных недель, установленных результатом УЗИ (копия документа прилагается к биоматериалу).

Специальная подготовка: нет ограничений по приёму пищи и воды в день сдачи. Единственная рекомендация — за сутки до сдачи крови на данное исследование необходимо максимально ограничить общение с мужским полом (нельзя прикасаться, спать в одной постели и прочее, это касается как взрослого так и ребёнка мужского пола).

Кровь после взятия необходимо доставить в лабораторию в течение 24 часов после взятия, до отправки в лабораторию можно хранить в холодильнике при температуре 2–8 С, не замораживая.

Категорически запрещено открывать пробирку до и после забора крови. При оформлении необходимо заполнить направление-анкету (бланк № 14) с указанием личных и анамнестических данных: Ф.И.О., контактный телефон, срок беременности акушерский и гестационный (по зачатию), количество беременностей, наличие абортов, число родов, число выкидышей. Эти данные необходимы для формулировки заключения по результатам анализа. При отсутствии заполненной анкеты и копии УЗИ, анализ не выполняется. На данное исследование пациент подписывает «Информированное согласие на проведение исследования».

Интерпретация результатов
Определение пола по ДНК позволяет выявить Y-хромосому.

При выявлении Y-хромосомы вам будет выдано заключение о том, что ваш будущий ребёнок будет мальчиком.

Если маркёр Y-хромосомы не обнаружен, тогда вы получите заключение о том, что у вас родится девочка. В некоторых случаях установить истину невозможно, что связано с целым рядом дополнительных факторов. К примеру, если ваш врач-гинеколог неправильно установил срок беременности: вам было выдано заключение, что у вас 9-ая неделя беременности, а на самом деле срок меньше.

На достоверность данного анализа по определению пола ребёнка влияют:

  • многоплодие;
  • индивидуальные особенности развития плода и течения беременности;
  • различные особенности организма женщины;
  • первая или повторные беременности;
  • пол ребёнка*.
*Ранняя стадия беременности в совокупности с низкой концентрацией фетальной ДНК младенца, могут привести к неоднозначным результатам. В этом случае специалисты нашего центра рекомендуют пройти дополнительный, уточняющий анализ на более поздних сроках. Повторный тест на определение пола по крови проводится бесплатно, если в первый раз вы проходили его в нашем центре и получили неоднозначный результат исследований. Повторный анализ проводится не ранее, чем через две недели после первичной диагностики. При этом, он является гарантией точного определения пола ребёнка. Как показывает практика, если результаты первого анализа были неоднозначными, то повторный тест дает гарантию достоверности 99%.

Пренатальный скрининг 2 триместра — сроки проведения, нормы, расшифровка, цены

УЗИ скрининг 2 триместра

Во втором триместре в нашей клинике можно пройти трехмерный или четырехмерный ультразвуковой скрининг. 3D и 4D УЗИ – относительно новые процедуры, которые по ряду параметров превосходят обычный двухмерный скрининг.

На какой неделе проводится скрининг 2 триместра?

 

Второй скрининг беременности нужно сделать на сроке 16-20 недель. Оба этапа – ультразвуковое исследование и анализ крови – могут быть пройдены в один день.

На 16-20 неделе беременности плод уже достаточно большой. Это позволяет разглядеть лицо малыша, увидеть, насколько пропорционально развиваются конечности, определить, правильно ли формируются внутренние органы. 4D УЗИ показывает подвижность плода и определяет пол малыша.

Вот основные характеристики, которые анализируются на УЗИ скрининге 16-20 недели:

  • Бипариетальный размер головы (БПР).
  • Длина бедренной и плечевых костей (ДБК и ДПК соответственно).
  • Окружность головы (ОГ).
  • Объем околоплодных вод (индекс анатомической жидкости, ИАЖ). Если этот параметр заметно ниже нормы, возможны проблемы с состоянием костей и развитием нервной системы.
  • Место прикрепление пуповины. Отклонения от нормы по этому параметру говорят о рисках гипоксии плода, нарушений в функционировании сердечно-сосудистой системы, других нарушений. Но по-настоящему тревожным сигналом это становится только при наличии отклонений в других анализах.
  • Длина шейки матки у мамы. Слишком короткая шейка матки на сроке 16-20 недель повышает риск выкидыша.

При УЗИ-диагностике принимается во внимание то, как визуализируется плод. Плохая визуализация может говорить об отеке и гипертонусе матки. Но с другой стороны, к ней иногда приводят лишний вес женщины и особенности положения малыша в животе мамы.

Будущим мамам не стоит заниматься самостоятельная расшифровкой УЗИ-скрининга 2 триместра. Это задача профессионалов, никакие таблицы с нормами из интернета не помогут адекватно интерпретировать результаты. Кроме того, выводы делаются на основе всего комплекса показателей. И еще один важный момент — результаты не дают однозначного ответа о заболевании или аномалии у малыша, они говорят лишь о наличии рисков. 
Сделать окончательные выводы позволяют дополнительные исследования. При этом они необязательно должны быть инвазивными. В нашем центре доступен неинвазивный генетический тест Prenetix.

Биохимический скрининг 2 триместра

Исследование крови не является обязательной составляющей второго перинатального скрининга. Повторно сдать кровь будущей маме рекомендуется в том случае, если результаты скрининга 1 триместра показали риск отклонений. Есть и другие ситуации, когда беременной женщине показано биохимическое исследование крови на 16-20 неделе:

  • возраст 35+ у будущих родителей или одного из них – после 35 лет снижается качество половых клеток, растет вероятность генетических мутаций и врожденных отклонений у плода;
  • выкидыши и замершая беременность в анамнезе;
  • случаи рождения детей с генетическими отклонениями или синдромом Дауна в роду у кого-то из супругов;

В рамках исследования крови анализируются те же показатели, что и в первом триместре.

  • Хронический гонадотропин человека (ХГЧ, часто называют гормоном беременности). Уровень выше нормы может быть при синдроме Дауна, пузырном заносе. Слишком низкая концентрация говорит о риске выкидыша и синдрома Эдвардса. 
  • Альфа-фетопротеин (АФП). К очень низкому уровню этого вырабатываемого ЖКТ плода белка могут привести синдромы Дауна и Эдвардса, гибель плода. Он также свидетельствует о повышенном риске выкидыша. Возможные причины повышенной концентрации – аномалии нервной трубки, синдром Меккеля, атрезия пищевода у плода. С другой стороны, к ней приводят инфекционные заболевания, которые будущая мама перенесла после зачатия.
  • Свободный эстриол. Понижение уровня этого стероидного женского гормона говорит о вероятности гидроцефалии у плода, отсутствия головного мозга, синдромах Эдвардса, Дауна, Патау, других нарушениях.

Подготовка ко второму скринингу беременности

УЗ-исследование не требует какой-то особенной подготовки. Но если сразу после него будущая мама собирается сдать кровь, то и ультразвук надо проводить на пустой желудок. Другой вариант – разнести скрининги на разные дни. Еще одна рекомендация пациенткам от наших акушеров-гинекологов – приходить на обследование с позитивным настроем и отдохнувшими.

Не стоит бояться пренатального скрининга. Скорее всего, он покажет, что с малышом все хорошо. Если же отклонения будут выявлены, это позволит своевременно принять необходимые меры – например, сохранить беременность или должным образом подготовиться к борьбе за здоровье малыша.

Записаться на обследование можно по телефону, через форму на сайте или онлайн-чат. 

Неинвазивный пренатальный тест — НИПТ

Что такое НИПТ и почему об этом исследовании столько говорят в последнее время? Какие преимущества у данных тестов? Кому они показаны и существуют ли ограничения? Сегодня мы найдём ответы на эти и другие актуальные вопросы.

Рождение здорового ребёнка – первостепенная цель любой женщины. Есть генетические нарушения, несовместимые с жизнью и/или приносящие страдание и ребёнку, и родителям. Выявление генетической патологии на раннем сроке беременности очень важно. Для этих целей в лабораторной практике давно используются неинвазивные биохимические скрининги (PRISCA, ASTRAIA), которые по результатам анализа крови и данных УЗИ позволяют рассчитать риск генетической аномалии. Это доступные биохимические тесты, их обязательно делают женщинам, стоящим на учёте в женской консультации. Результат такого теста представляет собой расчётную цифру, показывающую риск рождения ребёнка с генетической патологией у женщины определённого возраста с такими показателями гормонов и данными УЗИ. Если этот расчётный риск получается высоким, то женщину направляют на инвазивное исследование — амниоцентез.

Биохимические скрининговые программы не обладают высокой точностью, они основаны на cовокупности данных статистики, уровня гормонов и размеров плода по УЗИ. Амниоцентез – самый точный метод, но он инвазивный (нужно сделать прокол плодного пузыря, чтобы получить для исследования клетки, принадлежащие плоду) и угрожает развитием осложнений и прерыванием беременности.

Медицинская наука не прекращала поиски новых тестов для скрининга, которые были бы более точны и не зависели от расчётных показателей. В качестве скрининговых тестов в последнее время хорошо себя зарекомендовали НИПТ (неинвазивные пренатальные тесты) как надёжные, удобные и не мешающие нормальному протеканию беременности. Точность метода достигает 99,9%, так как исследуется генетический материал плода (его ДНК) в венозной крови будущей матери.

Как это возможно? Учёные выяснили, что начиная примерно с 10 недели беременности в крови женщины свободно циркулирует ДНК плода. Благодаря современным технологиям врачи научились выделять её и исследовать, выявляя самые распространенные изменения хромосом.

Таким образом, почти каждая женщина может сдать венозную кровь, дождавшись срока 10 недель беременности, и определить генетическое здоровье будущего малыша.

В каких случаях исследование с применением НИПТ будет наиболее полезно?

  • Если по результатам биохимического скрининга (тесты PRISCA или ASTRAIA) выявлен высокий риск хромосомной патологии
  • У беременных в возрасте старше 35 лет. В этом возрасте все методы, основанные на расчётных статистических данных, дают высокий риск генетической патологии, так как программа учитывает статистический возрастной риск.
  • Если были выявлены генетические нарушения у плода при предыдущих беременностях
  • Если женщина хочет сделать исследование именно этим методом. Надо помнить, что стандартный биохимический скрининг можно пройти бесплатно, за счет ОМС в женской консультации. НИПТ — достаточно дорогое исследование, которое можно сделать только за плату в коммерческих лабораториях.

В спектре лаборатории KDL представлено несколько комплексов НИПТ. Они отличаются объёмом исследования, показаниями и ограничениями. Важно чтобы понять, какой тест подходит именно Вам.

В каких случаях выполнение НИПТ невозможно?

  • Если срок беременности менее 10 недель
  • Количество плодов более 2
  • Имеются признаки замершей одноплодной беременности
  • Производилась трансплантация органов, тканей, в том числе костного мозга, до беременности
  • При наличии онкологических заболеваний

Итак, выполнение неинвазивных пренатальных тестов возможно при одноплодной и двуплодной беременности. Если беременность одноплодная естественная или наступила после ЭКО с использованием собственной яйцеклетки, то доступны все исследования НИПТ. В остальных случаях существуют ограничения.

В чем отличия разных тестов линейки НИПТ?

НИПС Т21 (Геномед)- диагностика только синдрома Дауна. В исследовании выявляется дополнительная 21 хромосома, если она есть у плода. Синдром Дауна считается одной из самых частых хромосомных аномалий и его частота растёт с увеличением возраста женщины. Выполняется при беременности вследствие естественного зачатия, при ЭКО с собственной яйцеклеткой или при использовании донорской яйцеклетки; при беременности одним плодом и двойней, а также при суррогатном материнстве и если произошла редукция одного эмбриона в двойне.

НИПС 5 – ДНК тест на 5 синдромов (Геномед) – неинвазивный тест на 5 синдромов, можно определить аномалии 13, 18, 21 и в большинстве исследований выявить аномалии половых хромосом X и Y.

  • Синдром Дауна (21 хромосома)
  • синдромы Эдвардса и Патау (дополнительная 18 и 13 хромосомы соответственно)
  • синдром Клайнфельтера (дополнительная Х хромосома)- возможен у мальчиков
  • синдром Тернера (недостающая Х хромосома) — наблюдается только у девочек

НИПС 5 универсальный, его выполнение возможно как при одноплодной естественной беременности, так и при беременности двойней, при носительстве донорской яйцеклетки, суррогатным матерям и в том случае, когда один плод в двойне редуцирован.

3 тестовые базовые панели:

  • НИПТ Panorama, базовая панель (Natera) — кроме одноплодной естественной беременности, выполнение возможно при беременности двойней, если развиваются оба эмбриона; носительницам донорской яйцеклетки и при суррогатном материнстве. Тест различает зиготность двойни (монозиготная или дизиготная). Тест считается выполненным, если проведено исследование 13,18,21 хромосом.
  • НИПТ Harmony, базовая панель (Roche) – также доступен при одноплодной и двуплодной беременности, есть определение зиготности двойни, при ЭКО с использованием донорской яйцеклетки и в случае суррогатного материнства.
  • НИПТ Panorama, базовая панель (Геномед) — отличается от других базовых панелей тем, что используется только при одноплодной естественной беременности или ЭКО с собственной яйцеклеткой.

Базовые панели позволяют выявить хромосомные аномалии 13,18, 21, Х и Y хромосом плода, а также триплоидии.

  • Триплоидия (дополнительный набор хромосом) – приводит к выраженным множественным дефектам, несовместимым с жизнью
  • Синдром Якобса (выявляется дополнительная Y хромосома) – только у мужчин, развивается бесплодие
  • Синдром ХХХ (дополнительная Х хромосома)

НИПС (Геномед) – включает определение вышеперечисленных синдромов (скрининг 13, 18, 21, Х, Y хромосом плода) и определение носительства у матери частых мутаций, которые могут привести к наследственным болезням, если ребенок унаследует два дефектных рецессивных гена от обоих родителей или один доминантный ген. Данные мутации выявляются в крови без выделения ДНК плода, т.е. оценивается не хромосомная мутация плода, а наличие аномальных вариантов генов у матери.

Генетические заболевания, связанные в тестируемыми в этом исследовании вариантами генов:

  • Муковисцидоз – тяжелое поражение органов дыхания и поджелудочной железы
  • Гемохроматоз – нарушение обмена железа, когда избыток железа откладывается в органах и тканях
  • Фенилкетонурия – нарушение обмена аминокислот, проявляется нарушением работы гипофиза, щитовидной железы и надпочечников и психическими расстройствами
  • Галактоземия – нарушение углеводного обмена, когда не усваивается молоко и развивается цирроз печени и поражения нервной системы
  • Нейросенсорная тугоухость – развивается с вероятностью 50%, если у одного из родителей есть доминантный ген

НИПС уникален не только клинической значимостью, но и доступностью. Одноплодная беременность, беременность двойней (с определением зиготности), в том числе при редукции одного из эмбрионов в двойне. При ЭКО с донорской яйцеклеткой и суррогатном материнстве этот тест нецелесообразен, так как  определять мутации, связанные с  генетическими   заболеваниями нужно по крови той женщины, чья яйцеклетка дала начало эмбриону.

Следующие 2 панели включают микроделеционные синдромы:

Микроделеции – это поломки сегмента хромосом, которые являются менее распространенными, но не менее опасными, и их невозможно заподозрить на УЗИ.

  • Синдром Ди-Джорджи – врожденный иммунодефицит, пороки сердца и деформации лица.
  • Синдром делеции 1p36 – выраженная умственная отсталость вследствие дефектов развития головного мозга.
  • Синдром кошачьего крика – выраженные нарушения интеллекта, зрительные расстройства и патология гортани.
  • Синдром Ангельмана – известен как «синдром Петрушки», проявляется приступами, хаотичными движениями, частым смехом без причины
  • Синдром Прадера-Вилли – по признакам напоминает синдром Дауна

НИПТ Panorama, расширенная панель (Natera) – исследуются и стандартные аномалии хромосом (13,18,21, Х, Y, триплоидии) и микроделеционные синдромы. Если у Вас беременность одноплодная естественная или в результате ЭКО с собственной яйцеклеткой, то выполнение данных панелей возможно.

При наличии двух плодов, ЭКО с донорской яйцеклеткой и суррогатном материнстве определить сегментарные нарушения технически невозможно.

НИПТ Panorama – ДНК тест на 18 синдромов (Геномед) —  самое объемное из всех исследований. В состав входит определение патологии 13,18, 21 и половых хромосом (Х и Y), микроделеционные синдромы и носительство генов наследственных заболеваний у матери (такая же панель генетических заболеваний, как в исследовании НИПС (Геномед) 26.2.А7). Выполняется этот тест только при естественной одноплодной беременности и ЭКО с использованием собственной яйцеклетки.

Можно ли определить пол плода и в каких случаях?

Да, по желанию женщины любой НИПТ определяет пол плода и это доступно как при одноплодной, так и при двуплодной беременности.

Обращаем Ваше внимание, что получение результатов, указывающих на риски развития патологических синдромов, требует консультации генетика и дополнительной инвазивной диагностики.

Сдать анализ крови на Липиды в Краснодаре

Нарушения липидного обмена играют важную роль в развитии атеросклероза сосудов и заболеваний сердечно-сосудистой системы. Научно доказано, что повышенное содержание холестерина в крови (гиперхолестеринемия) и локальные воспалительные изменения сосудистой стенки повышают риск утолщения и уплотнения стенки артерий с последующими нарушениями местного кровообращения. Атеросклеротическое поражение сосудов, по статистике, увеличивает вероятность инфаркта миокарда, инсульта, патологии почек.

Липидограмма позволяет оценить атерогенность (склонность к развитию атеросклероза) плазмы крови даже при нормальных уровнях общего холестерина. В исследовании липидного профиля определяются такие показатели, как триглицериды, общий холестерол (холестерин), липиды высокой, низкой и очень низкой плотности. Рассчитывается коэффициент атерогенности.

При расшифровке липидного профиля необходимо учитывать и другие факторы риска развития сердечно-сосудистых заболеваний. К ним относятся возраст, пол, наследственная предрасположенность к дислипидемиям и заболеваниям сердца и сосудов, нарушение углеводного обмена (сахарный диабет), повышение артериального давления, ожирение, курение, употребление алкоголя, патология почек.

Для чего используется исследование?

  • Чтобы оценить риск развития сердечно-сосудистых заболеваний.
  • Для динамического наблюдения за пациентами с ишемической болезнью сердца, гипертонической болезнью, атеросклерозом сердца и сосудов, патологией почек, сахарным диабетом.
  • Для обследования пациентов с семейным анамнезом по гиперхолестеринемии и высоким риском инфаркта миокарда или инсульта.
  • Для контроля гиполипидемической терапии и диеты.

Когда назначается исследование?

  • При профилактическом обследовании здоровых людей (после 20 лет рекомендовано раз в 5 лет определять уровень липидов в крови).
  • При увеличении содержания общего холестерина.
  • При повышенном уровне холестерина в анамнезе.
  • При отягощенном наследственном анамнезе (сахарный диабет, инсульт, инфаркт миокарда, артериальная гипертензия).
  • При наличии факторов, повышающих риск сердечно-сосудистых осложнений (возраст более 45 лет для мужчин и 55 лет для женщин, курение, избыточный вес, нарушения углеводного обмена, повышенное артериальное давление).
  • При контроле эффективности гиполипидемической диеты и/или медикаментозного лечения статинами.

   

Что эпигенетика может рассказать нам о сексе и гендере? : NPR

МАНУШ ЗОМОРОДИ, ХОЗЯИН:

Сегодня в программе — биология секса.

(ЗВУК МУЗЫКИ)

ЗОМОРОДИ: До сих пор мы говорили о хромосомах, половых железах, гормонах, мозге. Но мы так многого не знаем о том, как заканчивается секс, которым мы занимаемся. И мы можем долго не узнавать.

KARISSA SANBONMATSU: Все больше и больше изучая исследования, вы знаете, что остается так много открытых вопросов.Итак, мы пытаемся понять сейчас, но пока нет никаких неопровержимых доказательств.

ЗОМОРОДИ: Это структурный биолог Карисса Санбонмацу. Она работает в Лос-Аламосской национальной лаборатории. И она задает некоторые из тех вопросов, которые могут изменить наше представление о биологическом сексе в будущем. Но прежде чем заняться биологией, Карисса много чего изучала.

САНБОНМАЦУ: Меня очень вдохновили «Звездные войны», правда, в самом начале, и я хотел заняться астрофизикой, что я и сделал в колледже.Я начал заниматься теорией хаоса, сложными системами и нелинейной теорией, а затем занялся лазерным синтезом. Но затем, когда я стал главным исследователем в Лос-Аламосе, мое сердце было действительно с биологией, и поэтому я был одержим происхождением жизни.

ЗОМОРОДИ: И причина, по которой Карисса перешла от изучения звезд к изучению того, что определяет биологический пол, носит личный характер. Вот Карисса на сцене TED.

(ЗВУК ИЗ ТЕДА РАЗГОВОРА)

САНБОНМАЦУ: Когда люди узнают, что я женщина, которая оказалась трансгендером, они всегда спрашивают, откуда ты знаешь, что ты женщина? Ну, как ученый, я ищу биологическую основу пола.Я хочу понять, что делает меня собой.

ЗОМОРОДИ: Кариссе при рождении был присвоен мужской пол. Около десяти лет назад она перешла на женщину. Но ее новая жизнь иногда была болезненной.

(ЗВУК ИЗ ТЕДА РАЗГОВОРА)

САНБОНМАЦУ: Я знала, что внутри я женщина, а снаружи я носила женскую одежду. Но все видели меня мужчиной в платье. Мне казалось, что сколько бы вещей я ни пробовала, никто никогда не увидит во мне женщину. В науке ваш авторитет — это все.И люди хихикали в коридорах, бросая на меня взгляды, взгляды с отвращением, боясь находиться рядом со мной. Я помню свой первый большой разговор после перехода. Это было в Италии. Я и раньше выступал с престижными докладами, но на этот раз я был в ужасе. Я посмотрел в аудиторию, и начался шепот, взгляды, ухмылки, хихиканье. По сей день я все еще испытываю социальную тревогу по поводу своего опыта восьмилетней давности. Я потерял надежду. Ну, не волнуйся. Я прошел терапию, так что я в порядке. Я в порядке сейчас.

(СМЕХ, Аплодисменты)

САНБОНМАЦУ: Но я почувствовал, хватит.Я ученый. У меня есть докторская степень по астрофизике. Я публиковался в ведущих журналах по взаимодействию волн и частиц, космической физике, биохимии нуклеиновых кислот. На самом деле меня учили докапываться до сути вещей. Итак…

С этого момента я начал вникать, знаете, почему я трансгендер и так далее. И я думаю, что если мы сможем показать людям, что это что-то законное, то, возможно, люди отнесутся к этому намного серьезнее.

ЗОМОРОДИ: Итак, если я правильно понимаю, именно тогда вы действительно решили исследовать это как свою карьеру и начали вникать в то, что происходит с нашей ДНК, верно? Например, эпигенетика — то, что может быть тем, что делает нас мужчинами или женщинами, или, может быть, цисгендерными или трансгендерными.

САНБОНМАЦУ: Ага. И оказалось, что это действительно захватывающая область, которая как бы взорвалась, пока мы работали над ней. И это было как раз в то время, когда я тоже проходил через переход. Итак, в основном в эпигенетике, это интересно тем, что, вы знаете, многие люди задаются вопросом, это природа или это воспитание? Вы такими родились или это выбор? А эпигенетика — это новая область, которая находится где-то посередине, где окружающая среда перепрограммирует гены, и эти переключатели остаются навсегда.Так что это что-то среднее между природой и воспитанием.

ЗОМОРОДИ: Итак, мы все рождаемся со своей ДНК. Но наша среда может изменить способ выражения нашей ДНК. Итак, как сказала Карисса, эпигенетика перепрограммирует наши гены, определяя путь, по которому пойдет наша ДНК.

САНБОНМАЦУ: Ага. И я думаю, что путь — это ключевое слово, на которое вы наткнулись. Итак, есть нечто, называемое пейзажем Уоддингтона…

ЗОМОРОДИ: ОК. Пейзаж Уоддингтона. Мне это нравится.Это известная аналогия с эпигенетикой. Итак, представьте, что ваши клетки — это шарики, катящиеся с холма, развивающиеся и решающие, во что в итоге превратиться.

САНБОНМАЦУ: И когда вы идете вниз, вам всегда приходится принимать это решение, когда вы идете вниз, вниз и вниз. И когда он катится вниз, в любой момент он пойдет влево или вправо.

ЗОМОРОДИ: И такие ученые, как Карисса, пытаются понять, как эпигенетика может изменить путь, по которому идут наши клетки, когда наши тела развиваются по женскому или мужскому пути внутриутробно.

SANBONMATSU: Что касается трансгендерных исследований, есть много отчетов, которые иногда передаются из поколения в поколение, а иногда нет. Так что в нем есть много особенностей, которые действительно просто кричат, это должно быть эпигенетика. Так вот, что мы сейчас ищем.

ЗОМОРОДИ: Да, потому что на самом деле я слышал это, потому что разговаривал с другом, чья дочь находится в процессе перехода. И поправьте меня, если я ошибаюсь, но она сказала, что люди говорят об этой идее, что плод может развиваться по-разному в утробе матери.Например, в первом триместре гениталии развиваются одним путем, но затем, во втором или третьем триместре, развитие мозга приводит к другому полу. Это правильно?

САНБОНМАЦУ: Ага. Итак, это действующая рабочая модель, которой придерживаются многие люди, согласно которой гениталии дифференцируются в одну сторону, а мозг — в другую. И мы думаем, что очевидным механизмом этого является эпигенетика, потому что эпигенетика глубоко вовлечена почти во все решения, принимаемые во время развития.И большая часть эпигенетических изменений вызвана гормонами, которые фактически заглушают ген или целый набор генов в критический момент, который может изменить ход развития этого ребенка.

ЗОМОРОДИ: ОК. Как сказала Карисса, это рабочая модель для объяснения возможной биологической причины гендерной дисфории. Но применение эпигенетики к полу и гендеру — это довольно новинка. Это как-то спорно. И ученые действительно далеки от того, чтобы соединить в этом точки.

САНБОНМАЦУ: Я надеюсь однажды сдать анализ крови, может быть, или что-то с эпигенетическими метками.Но, знаете, я думаю, мы далеки от чего-то подобного.

ЗОМОРОДИ: Итак, ваша часть этой головоломки изучает, как ДНК выражает себя, а затем это используется учеными, изучающими развитие плода, верно?

САНБОНМАЦУ: Точно. Точно.

(ЗВУК ИЗ ТЕДА РАЗГОВОРА)

САНБОНМАЦУ: Чтобы по-настоящему понять процесс принятия решений ДНК, нам нужно увидеть этот процесс в атомарных деталях. Ну, даже самые сильные микроскопы этого не увидят.Что, если мы попытаемся смоделировать их на компьютере? Для этого нам понадобится миллион компьютеров. Это именно то, что есть у нас в Los Alamos Labs — миллион компьютеров, соединенных в гигантском складе. Итак, здесь мы показываем, как ДНК, составляющая целый ген, свернута в узелки очень специфической формы. Моя команда впервые смоделировала весь ген ДНК — крупнейшее биомолекулярное моделирование, выполненное на сегодняшний день. Впервые мы начинаем понимать нерешенную проблему того, как гормоны вызывают образование этих узлов.

ЗОМОРОДИ: ОК. Поэтому я хочу убедиться, что правильно понимаю. Вы показываете, как ДНК сгибается и образует эти узлы, и эти складки и узлы определяют путь ДНК — как, по сути, показываете эпигенетику в реальном времени.

САНБОНМАЦУ: Да, верно.

ЗОМОРОДИ: И опять, типа, это всего лишь одна штука. Например, вы один из многих ученых, пытающихся соединить точки в этой сверхобширной и сложной области биологического пола, а затем, как это связано с гендером, и каждый из вас просто пытается понять один шаг, верно?

САНБОНМАЦУ: Ага.Итак, мы находимся на атомистическом молекулярно-клеточном уровне. Все должны работать над этим, потому что это так сложно. И переход от фрагмента ДНК к мозгу, к поведению, к понятию пола — я имею в виду, что между каждым из этих шагов мили и мили, понимаете? Так что это долгий путь, чтобы понять все это, но это означает, что нам, ученым, предстоит еще много работы.

ЗОМОРОДИ: Правильно, сотни шагов.

САНБОНМАЦУ: Да, да, да, да, по крайней мере.Итак, я бы сказал, что определение секса действительно развивается. И то, на чем мы фокусируемся на самом деле, это то, что находится внутри вашего мозга. Как устроен ваш мозг? Итак, мы пытаемся понять, как в основном развиваются эти мозговые структуры, но это недостаточно хорошо изучено. Так что я бы сказал, что прямо сейчас вы даже не можете точно определить, что такое гендер и пол, поэтому очень сложно даже определить, каковы отношения между ними.

(ЗВУК ИЗ ТЕДА РАЗГОВОРА)

САНБОНМАЦУ: Так что же значит быть женщиной? Последние исследования показывают, что женский и мужской мозг развиваются в утробе матери по-разному, что, возможно, дает нам, женщинам, это врожденное чувство того, что они женщины.С другой стороны, возможно, именно наше общее чувство общности делает нас женщинами. У нас так много разных форм и размеров, что спрашивать, что значит быть женщиной, может быть неправильным вопросом. Это как спрашивать трехцветного кота, что значит быть трехцветным котом. Возможно, стать женщиной означает принять себя такими, какие мы есть на самом деле, и признать то же самое друг в друге. Я вижу тебя, и ты только что видел меня.

(АПЛОДИСМЕНТЫ)

ЗОМОРОДИ: Это Карисса Санбонмацу. Она работает структурным биологом в Лос-Аламосской национальной лаборатории в Нью-Мексико, и вы можете посмотреть ее выступление на сайте ted.ком. Большое спасибо за то, что были здесь со мной на шоу этой недели о биологии секса. Если вы хотите узнать больше о том, кто был на нем, перейдите на ted.npr.org. А чтобы увидеть еще сотни выступлений TED, зайдите на сайт ted.com или в приложение TED.

В состав нашего производственного персонала NPR входят Джефф Роджерс, Саназ Мешкинпур, Рэйчел Фолкнер, Диба Мохташам, Джеймс Делахуссей, Джей Си Ховард, Кэти Монтелеоне, Мария Пас Гутьеррес, Кристина Хала, Ханна Боланос и Мэтью Клотье, с помощью Дэниела Шукина.Нашу музыкальную тему написал Рамтин Араблуи, а нашими партнерами на TED являются Крис Андерсон, Колин Хелмс, Анна Фелан и Мишель Квинт. Я Мануш Зомороди, и вы слушали TED Radio Hour от NPR.

Copyright © 2020 NPR. Все права защищены. Посетите страницы условий использования и разрешений нашего веб-сайта по адресу www.npr.org для получения дополнительной информации.

Стенограммы

NPR создаются в кратчайшие сроки подрядчиком NPR. Этот текст может быть не в своей окончательной форме и может быть обновлен или пересмотрен в будущем.Точность и доступность могут отличаться. Официальной записью программ NPR является аудиозапись.

Запрос стенограммы в Университете Сент-Джозеф, Коннектикут

Официальная стенограмма печатается на защищенной бумаге с предварительно напечатанной печатью университета и подписью регистратора, а также легендой со списком аккредитаций и ключом к записи стенограммы.

Университет Святого Иосифа теперь предлагает электронный формат транскриптов (электронные транскрипты) наряду с традиционными бумажными копиями, которые мы всегда предоставляли через службу под названием Parchment Exchange:

  • Удобный веб-сайт, который поможет вам сделать заказ и сделать оплата
  • Заказ осуществляется на 100% онлайн – никаких дополнительных форм не требуется
  • Вы можете заказать столько стенограмм, сколько вам нужно в одном заказе
  • Сайт доступен 24 часа в сутки
  • Заказ с любого устройства и с помощью большинства современных веб-браузеров ( Примечание. Браузер Internet Explorer не поддерживается.)
  • Статус заказа и история заказов доступны онлайн
  • Возможность запросить электронную стенограмму или бумажную копию в одном заказе
  • Доступна ускоренная доставка

*ПРИМЕЧАНИЕ. Если вам необходимо отправить дополнительную форму с выпиской, свяжитесь с наш офис по телефону 860.231.5225 до вы запрашиваете стенограмму с помощью Parchment Exchange.

Инструкции по запросу официальной стенограммы

Чтобы получить официальную стенограмму:

  1. Создайте учетную запись в Parchment, щелкнув ссылку «Новая учетная запись учащегося», или, если вы уже заказывали стенограмму ранее через эту службу, просто войдите в систему. по той же ссылке и войти через Existing User Account.
  2. Чтобы создать учетную запись в нашей системе, вам необходимо предоставить идентифицирующую информацию, такую ​​как:
    • Имя
    • Дата рождения
    • Последние 4 цифры номера социального страхования (SSN)
    • Даты посещения
    • Адрес электронной почты и пароль
    • Идентификационный номер студента (только для текущих студентов)
  1. Код подтверждения будет отправлен на указанный вами адрес электронной почты.
  2. Следующие шаги:
    • Выберите пункт назначения; либо из списка участников Parchment, либо из другого пункта назначения
    • Выберите, предпочитаете ли вы электронную стенограмму или бумажную копию
    • Выберите «Отправить сейчас» или отложить для оценок или степени
    • Если требуется специальная доставка, проверьте ускоренную доставку
    • Оплата производится через Кредитная/дебетовая карта
    • Поставьте подпись, чтобы USJ мог опубликовать вашу расшифровку
    • Проверить заказ
  3. Выйти из Parchment.

Неофициальный запрос на выписку

  • Оплата: бесплатно
  • Используйте эту форму, чтобы запросить неофициальную выписку

По почте, факсу или электронной почте неофициальный запрос на выписку по адресу:

9018 University of Saint Joseph4 Адрес: 8
Офис регистратора
1678 Asylum Avenue
West Hartford, CT 06117

Факс: 860.231.8396
Эл. Офис регистратора университета (OUR) AAS АФ-АМСТ Афроамериканские исследования АБГ АНИМБИО Выпускник биологии животных АБИ БИОЛ Биология животных АБС АП БСК *Прикладные науки о поведении АБТ АБИОСИТ Прикладная технология биологических систем АКК ПРОАККТ Профессиональный бухгалтер АДМ АДМИН * Администрация АДС АДМ СТД *Административные исследования дирхамов ОАЭ АГ ОБРАЗОВАНИЕ Сельскохозяйственное образование АЭР АЭРОСП *Аэрокосмические исследования АЕТ АГ Е ТК * Технология сельскохозяйственного машиностроения АРУ АГ ХИМ Сельскохозяйственная и экологическая химия ВОЗРАСТ АГР ЭКО *Экономика сельского хозяйства СМА АГРОН *Агрономия АГС АГРН СТ *Аграрные исследования АХЕ AG&H ED *Сельское хозяйство и домашнее хозяйство АХИ АРТИ История искусства ВСЕ АЛЛЕРГИЯ *Аллергия (внутренние болезни) АМР АГМГТРР *Сельскохозяйственные ресурсы и пастбища АМС АМР СТД Американские исследования АНА АНАТОМИЯ *Ветеринарная анатомия и клеточная биология АНБ БЕХ Поведение животных АНЭ АНЕСТЕ Анестезиология анг ГЕН Генетика животных АНМ АНС МГТ * Животноводство и управление ОТВЕТ AN SCI Зоотехника Муравей АНТР Антропология БТР ANPH&CB Анатомия, физиология и клеточная биология API АПИС *Прикладные науки Апрель АГ ПРАЦ *Сельскохозяйственная практика АРБ АРАБСКИЙ Арабский АРК АРКА *Архитектура АРЕ АГРЕСЕК Экономика сельского хозяйства и ресурсов АРХ АРХЕО *Археология РУКА АРМЕНИЯ *Армения АРТ АРТ Художественная студия АСА А А СТД Азиатско-американские исследования АСЦ СМА SCI *Сельскохозяйственные науки АСЕ АГСИ&ЕН * Сельскохозяйственные системы и окружающая среда АСМ СМА S&M * Сельскохозяйственные науки и управление АСТ АСТРОН Астрономия Банкомат Банкомат SCI Атмосферные науки АВС АВ SCI Птичьи науки БАК БАКТ *Бактериология БАКС АВТОБУС АНЛ Бизнес-аналитика БКБ БИОМКДБ Биохимия, молекулярная, клеточная биология и биология развития БКХ БИОХИМ *Биохимия (выпускная группа) БКМ БИОЛХМ Биологическая химия ПП БИОК&РН *Биохимия и биофизика БЭХ БЕХБИОЛ *Поведенческая биология-медицина БЭС БИО&ЭНВ *Биомедицинские и экологические медицинские науки БИМ БИМЕДЕН Инженерно-биомедицинский БИО БИОЛОГИЯ *Биология БИС БИОЛКИ Биологические науки БИТ БИОТЕХ Биотехнология БЛК БИОЛЧ *Биологическая химия ЧЕР ЧЕРНЫЙ СТАНДАРТ * Черные исследования БМБ БКМЛБИО *Биохимия и Molec Biol Grad БОТ БОТАНИКА *Ботаника БПХ БИОФ G Биофизика БПТ БИФОТН Биофотоника БСТ БИОСТАТ Биостатистика БУА ШИНА АДМ * Деловое администрирование МОЖЕТ КАНТОН *Кантонский диалект АВТОМОБИЛЬ КАРДИО Кардиология ЦКБ ЦЕЛЛБИО * Клетка и биология развития, класс МЧР КДМЕДИА Кино и цифровые медиа CEL КЕЛЬТСКАЯ *Кельтский СГС КОГСКИ Когнитивные науки ЧА КЛБИОХА Клеточная биология и анатомия человека ЧЭ ХИМ Химия ЧИ ЧИКАНО Исследования чикано ЧН КИТАЙСКИЙ китайский CLA КЛАССИК Классика КЛХ КЛИНРЕС Клинические исследования КЛП КЛ ПУТЬ *Клиническая патология-Вет.Мед. CLR К@ЛАРУ * Колледжи на Ла Рю КМЗ СМ-HLTH * Медицина — общественное и международное здравоохранение КИМ СООБЩЕНИЕ * Связь КМН СООБЩЕНИЕCN Связь СМР CM&POST * Общественная и последипломная медицина CNE МИНУС ЕС *Экономика потребления ЦНС КОНС СК Потребительские науки CNT СИН ТК *Потребительские технологии КОМ КОМПЛИТ Сравнительная литература КПС CL PSYC *Мед — Клиническая психология CRD СМ&РГДЭ Сообщество и региональное развитие ЦНИИ КРИТТHR Критическая теория CRO ХОРВАТИЯ *Хорватский АСБ С, РЕСТ *Консервация и изучение ресурсов КРВ КАРДВАС * Сердечно-сосудистая физио-Инт Мед CSC КЛИНСИ *Клинические науки – ветеринария CSI КОМ SCI *Информатика КСМ КРОПСКИ *Наука и управление растениеводством CST КУЛ СТАНДАРТ Культурология КТС КИНО И ТС Кино и технокультурные исследования Кипр ПЛАН *Городское планирование ДАН ДАТСКИЙ *Датский ДЭБ БИОТЕХ Специальное направление, биотехнология ДЕР ДЕРМАТО Дерматология ДЕС ДИЗАЙН Дизайн ДРА ДРАМАРТ Драматическое искусство ТУ ГОЛЛАНДСКИЙ *Голландский ДВБ ДЕВ БИО *Развитие биохимии ДВМ ВЕТКЛИН Ветеринарно-клиническая ротация ДВС ДЕВ СТАНДАРТ *Исследования развития EAD РУС АСД Инженерно-прикладная наука-Дэвис ЭАЭ АНГЛ АЕР Аэрокосмическая наука и техника ЕАГ СМА РУС *Сельскохозяйственное машиностроение EAL АНГЛ АСЛ *Инженерно-прикладные науки-Lvrmor EAP EAP Программа образования за рубежом ЕАС E АЗИАТСКИЙ Восточноазиатские исследования ЭБМ ЭНВ Б&М * Экологическая биология и управление ЭБС АНГЛ БС Инженерные биологические системы ЭЧ АНГЛ ЧМ Химическая промышленность ЭКИ АНГЛИЙСКАЯ ГРАЖДАНСКАЯ Гражданское строительство и экология ЭКЛ ЭКОЛОГИЯ Экология ЕСМ РУС CMS *Инженерно-химические материалы ЕСН ЭКОН Экономика ЭКС АНГЛ ТУ Инженерная информатика ЭДЭ ENV DES *Экологический дизайн ОДО ЭНДОКР *Эндокринология (выпускная группа) ЭДУ ОБРАЗОВАНИЕ Образование ЕЭС ENG E&C Инженерное дело, электротехника и компьютеры ЯЙЦО ЭНЕРГИЯ Энергетические системы ЭДЖС ЕСН J&S *Экономика, правосудие и общество Элт АНГЛИТ *Английская литература ЕМЕ РУС МЭК Машиностроение ЭМР ЭМР МЕД Скорая помощь Скорая помощь АНГЛИЙСКИЙ МАТ Инженерное материаловедение ЕСА ENG AGR *Сельскохозяйственное машиностроение КОНЕЦ ЭНДОКР *Эндокринология (внутренняя медицина) ENE АНГЛ ЭЛЕ *Инженерно-электротехнический АНГЛИЙСКИЙ ДВИГАТЕЛЬ Машиностроение ЕНХ ЕНВХОРТ Экологическое садоводство ЭНЛ АНГЛИЙСКИЙ Английский ЭНМ КОНЕЦ&МЕТ Эндокринология и метаболизм ЕПС ENV P&M * План охраны окружающей среды и управление ENR ЭНЭ РЭС *Энергетические ресурсы ЛОР ЭНТОМ Энтомология ЭНВ ENVP&M Экологическая политика и управление ЭПИ ЭПИДЕМ Эпидемиология ЭПМ E&P MED *Эпидемиология и профилактика ЭПП E&P MED *Мед — Эпидемиология и Предыдущая Медицина ЭРГ ЭРГ *Эргономика ERS ENVRSCI * Наука об окружающей среде ЕСМ ЭНВСК&М Наука об окружающей среде и менеджмент ЭСП ENV S&P Экологическая наука и политика СОЭ E S&RES *Науки о Земле и ресурсы ЭСТ ЕНВ СТД * Экологические исследования ЭТХ ENV ТОКС Экологическая токсикология ЕВА ЭВОЛ&ЭК Эволюция и экология ЭВХ   Экологические гуманитарные науки ЭВС ENV SCI *Науки об окружающей среде ЭКСБ EXC БИО Биофизиология ЭКС EXC SCI Научные упражнения ФАГ ФА&ХУМ Изобразительное искусство и гуманитарные науки ФАП ФАМ ПРА Семейная и общественная медицина FCO ДЛЯ,КОН *Лесное хозяйство и охрана природы ФДС ПРОДУКТЫ *Пищевые продукты ФХА ФА&ХУМ *Изобразительные и гуманитарные науки ФЛК ФОЛЬКЛОР *Фольклор ФЛМ ФЛМСТ *Киноведение ДУТ ФЛМ СТД *Киноведение ФМС ПЛЕНКА ST Киноведение ДЛЯ ДЛЯ SCI Криминалистика кадров в секунду FIB&POL Наука о волокнах и полимерах ФРЭ ФРАНЦУЗСКИЙ французский ФРМ ЛЕС *Управление лесным хозяйством и ресурсами ФРС ФРС СЭМ Семинар для первокурсников ФСЭ ФУТ СЭД Будущие преподаватели естественных наук бакалавриата ФШМ ФДСРМГ Управление продовольственным обслуживанием ФСТ FD S&T Пищевая наука и технология ГАЗ ГАСТРО Гастроэнтерология ГДБ ГДИСБИО Глобальная биология болезней Лари ГЕОЛОГИЯ Геология ГЕН ГЕНЕТИЧЕСКИЙ *Генетика ГЕО ГЕОГ География НЕМЕЦКИЙ НЕМЕЦКИЙ немецкий ГГГ ГЕНГРАД Генетика ГЛО Н/Д (утверждено после 2020 г.) Глобальное обучение ГМД ГЕНЕРАЛЬНЫЙ МЕД Общая медицина ГРА ГРАДДИВ * Высшее отделение ГРК ГРЕЧЕСКИЙ Греческий ГСВ Стандарт ГСВ Гендерные, сексуальные и женские исследования ХАН ХУМ АНА *Анатомия человека. Медицина HDE ХУМ ДЕВ Человеческое развитие ЕВР ЕВРЕЙСКИЙ Иврит ГЭК ДОМ ЕС *Домашнее хозяйство ВО Н ЕС ED * Образование в области домоводства HIN HIN-URD Хинди/урду ЕГО ИСТОРИЯ История Большой пулемет ХО МГТ *Управление домом ХМР ХУМРГТ Права человека ХНР ЧЕСТЬ C Вызов с отличием HON ХЕМ-ОНК Гематология и онкология HPH ХУМ ФИ Физиология человека HPS H&P SCI *История и философия наук. ХРТ ХОРТКУЛ Садоводство ХУМ ЧЕЛОВЕК Гуманитарные науки Венгрия ВЕНГЕРСКИЙ *Венгерский ГИД ГИДРО С Гидрологические науки ХИС ГИДРАВЛИЧЕСКАЯ НАУКА *Гидрологические науки ИАД ИНТ АГ Международное сельскохозяйственное развитие МТП СКУ CTR * Центр стажировки и карьеры ДВС UC ОБМЕН *Программа межкампусного обмена ИКЛ INTCMLW Международное коммерческое право ICV УК ВИСТ *Программа посетителей Intercampus ИДИ ИНФ-ДИС Инфекционные болезни ИДС ИДС * Межведомственные исследования ИЕН ИНД АНГЛ *Промышленное проектирование ИМД INT MED Терапия ИМГ ИНС МГТ *Управление учреждением ИММ ИММ ГРД Иммунология ИПМ ПЕСТ МГ *Комплексная борьба с вредителями ИРЭ INT ОТНОС Международные отношения IRS ИРЛАНДСКИЙ *Ирландский ИСТ ИНТГ СТ Комплексные исследования ИТА ИТАЛЬЯНСКАЯ итальянский JOU ЖУРНАЛ *Журналистика Япония JPNESE японский JST ДЖШСТД Еврейские исследования КОР КОРЕЙСКИЙ *Корейский ЛАХ LAT AMR * Латинская Америка и полушарие ЛАЛ ЛАНГЛАБ *Языковая лаборатория ЛВС ЯЗЫК *Язык без отделения ЛАС Латинская АМС * Латиноамериканские исследования LAT ЛАТИНСКИЙ Латинский ЗАКОН ЗАКОН    Закон ЛДА ЛНД АРК Ландшафтная архитектура МАФ ФАЙНАРТ Изобразительное искусство ЛИН ЛИНГВИЗ Лингвистика ЛТС ПОЗВОЛЬТЕ&SCI Письма и наука МАЭ ENG Слияния и поглощения Машиностроение, механика и авиастроение МАС МАС КОМ * Массовая связь МАТ МАТЕМАТИКА Математика МКБ МОЛ&КБ Молекулярная и клеточная биология МКС M&CNUTR Питание матери и ребенка МКП МОЦЕФИ Молекулярная, клеточная и интегративная физиология МДИ МЕД ИНФ *Медицинская информатика МДМ МЕД МЛР *Med Learning Resources-Med МДС МЕД SCI Медицинские науки МГБ МГМБ Менеджмент; Рабочая профессиональная зона залива МГМ МНГМТ *Управление МГП МГМП Менеджмент; Рабочий профессионал МГТ МГМТ Менеджмент МГВ МГМТ ПР Менеджмент; Онлайн ОМС ХЛТИНФ Информатика здравоохранения МИБ МИКРОБ Микробиология МИК МИКРОФОН БИО Микробиология МИС РАЗНОЕ *Разное ММГ МБ&MGEN Микробиология и молекулярная генетика ЧМИ МЕД Микрофон Медицинская микробиология миль в час ПУБЛИКАЦИЯ * Магистр общественного здравоохранения МПМ ПВМ-ГРД Магистр профилактической ветеринарной медицины МПС MAT&PHS *Математика и физика МСА МД ВОСТОК Ближний Восток/Южная Азия Std МСК МИЛ SCI Военная наука МСТ МЭДВ-СТ Средневековье МУС МУЗЫКА Музыка МВМ МЕД-ВМ *ВМ Медицина МХА МЕХ-АМР * Американец мексиканского происхождения (чикано) НАК НАТ&КУЛ *Природа и культура NAS Н/Д СТД Исследования коренных американцев НКМ С НТ МТ *Med — Intrl: Clinic Nutr&Metab НЭБ НЕЙРБИО * Нейробиология (выпускная группа) НЭМ НЕМАТОЛ Нематология НЭП НЕФРОЛ Нефрология РЭШ ШПИЛЬКА NE * Ближневосточные исследования НЭУ НЕЙРОЛ Неврология НГГ НУТРИТ *Группа выпускников по питанию НМД НУТР-МД *Питание (терапия внутренних органов) НОР НОРВЕГИЯ *норвежский НПБ NE РН B Нейробиология, физиология и поведение НРП УХОД ЗА СЕСТРЫМИ Сестринское дело Агентство национальной безопасности НЕТ СУБЪЕКТА *Нет предметной области UCD НСК НЭУР-ГС Неврология НСУ НЕЙРОСУ Нейрохирургия НУБ НУТРБИО Биология питания НУС НЕЙРОСК *Неврология ГАЙКА НУТР Питание НВС НВЛ SCI * Военно-морское дело ОБГ Акушер-гинеколог Акушерство и гинекология ОЭХ OCC&ENV * Медицина – охрана труда и окружающей среды ОПТ ОПТМЛГЙ Офтальмология ОРИ ОРИЕН *Ориентация ОРЛ ИЛИ ЯЗЫК *Восточные языки и гражданское право ОСУ ИЛИ ПОГРУЗЧИК Ортопедическая хирургия ОТО ОТОЛРЫН Отоларингология ПАЛ ПАЛЕОН *Палеонтология ПАС ФИАССТ Обучение помощника врача ПБГ ПОП БИО Популяционная биология ПБИ ПЛ БИО Биология растений ПДЭ ПГМ ДЕВ *Разработка программы ПЕД ПЕДИАТР Педиатрия PEN POLECNR *Политическая экономия природных ресурсов ПО ПЕРСИДСКИЙ персидский ПФС ПЕРФСТД Исследования производительности ПГГ ФИЗИОГ * Группа выпускников физиологии ПНА МДФРТХ Медицинская фармакология и токсикология ПНС Физический SCI *Физиологические науки-ВетМед ПНЕ ФИЗИЧЕСКАЯ ЭД *Физическое воспитание PHI ФИЛОСА Философия ПХР ПОП H&R Здоровье населения и воспроизводство ПХС ФИЗИОЛ *Физиология животных Физический ФИЗИКА Физика ПЛБ ПЛТ БИО Биология растений ПЛП PL ПУТЬ Патология растений ПОЖАЛУЙСТА ПЛ SCI Науки о растениях ПМД ПУТЬ-MD Патология ФМИ PATHM&I Патология, микробиология и иммунология ПМН ПЕСТМГТ *Борьба с вредителями ОУП ПМРиОС *Физическая медицина и реабилитация — Med ПМР П М & Р Физическая медицина и реабилитация ПОЛ ПОЛ SCI Политология ПОМ ​​ ПОМОЛ *Помология ПОП ШПИЛЬКА *Популяционные исследования ПОР ПОРТУГИЯ Португальский ППХ ПЛ ФИЗ *Физиология растений ППС ППС МГТ *Защита растений и борьба с вредителями ПРА P&R-ADM *Администратор парков и мест отдыха. PSC ПСИХ Психология ПСТ ПСТ ГРД *Последипломное медицинское образование БП ПЛАСТСУ Пластическая хирургия ПСИ ПСИХИЯ Психиатрия РТХ ФРМ-ТС Фармакология-токсикология ПУН ПАБ HLT *Общественное здравоохранение ПУЛ ПУЛ-МЕД Легочная медицина Пун ПЕНДЖАБИ Пенджаби ПВМ ПУТЬ-VM *Патология-ветеринарная медицина ПЗО ФИЗОЛ *Физиология Зоология РАД ​​ РАД ​​PHY *Радиология (радиофизика)-Мед RAL РЕ-ВСЕ Ревматология и аллергия РКМ РЕТКОМ *Риторика и общение РДИ РАД ​​ДИА Рентгенодиагностика РЕВИЗ РЭПР-ВМ *Репродукции — Ветеринарная медицина РЕЛ РЕЛГН Изучение религии РГЭ РАД ​​ГЕНЕРАЛ *Радиология (общая) – медицина РХМ РЕВМАТ *Ревматология-медицина РМТ РНГ SCI *Радиологическое исследование РНУ РАД ​​НУК Радиология-ядерная медицина РОН РАД ​​ОНК Радиационная онкология РСК РЭС НКИ *Науки о ресурсах РСТ РЕЛ СТД Религиоведение РУТ РАД ​​ТПЧ *Радиология (терапевтическая) — Med РУС РУССКИЙ Русский РВМ РАДИОВМ *Радиологические науки-Ветеринарная медицина САФ СУС СГР Устойчивые сельскохозяйственные и продовольственные системы САС SCI&SOC Наука и общество СКА СКАНДИН *скандинавский SCI ГКИ СТУ *Научные исследования СКС SOC SCI *Социальные науки СКВ СОК ВЕЛ * Социальное обеспечение МОРЕ С МОРЕСН *Юго-Восточная Азия СИО СИО *Институт океанографии Скриппса СЛВ СЛАВЯНСКИЙ *Славянский СОК СОЦИАЛЬНЫЙ Социология СОЭ СОСЕКОЛ *Социальная экология СПА ИСПАНСКИЙ Испанский СПЕ РЕЧЬ *Речь СПХ ПУБЛИКАЦИЯ Науки общественного здравоохранения СПН S&P NTR *Почва и питание растений ССК ПОЧВЫ Почвоведение нержавеющая сталь СИО *Специальные исследования ПК СТАТИСТ Статистика СТХ СТХ&КМЗ Социальная теория и сравнительная история СТП СТ АБРД *Краткосрочная программа за границей СТС SCI&TEC Наука и технологии SUB ТЕМА *Тема А СУР ХИРУРГИЯ Хирургия СВМ СУРГ-ВМ *Хирургия-ветеринарная медицина ШВЕ ШВЕДСКИЙ *Шведский SWH СУАХИЛИ * Суахили СВС S&W SCI *Наука о почве и воде ТАЕ   Сельскохозяйственные и экологические технологии ТКС ТЕКУЛЬСТ Технокультурные исследования ПОЛ ТЕА АР *Театр ТРК ТУРЕЦКИЙ Турецкий ТТП ТРАНПОЛ Транспортные технологии и политика ТКС ТЕХ&CL Текстиль и одежда УРД УРДУ *урду УРО УРОЛОГИЯ Урология УВП ПИСЬМО Университетская программа письма Видеомагнитофон Овощи *Овощные культуры ВЕН ВИТ-ЭНО Виноградарство и виноделие ВЕТ ВЕТМЕД Факультет ветеринарной медицины ВМБ МОЛ БСК Молекулярные биологические науки ВМД ВЕТ МЕД *Ветеринария ВМЭ МЕД&ЭПИ Медицина и эпидемиология ВМИ ВЕТ МиИ *Ветеринарная микробиология и иммунология ВПТ ВЕТПТХ *Ветеринарная фармакология и токсикология ВСР СУРГРАД Хирургические и радиологические науки ВСТ ВИС АРТ *Визуальные исследования БЫЛ UC WASH Вашингтонский центр Калифорнийского университета в Дэвисе  ВДС WOODSCI * Лесоведение ВЕЛ ВАЛЛИЙСКИЙ *Валлийский ВФК ВФК БИО Дикая природа, рыба и биология сохранения ВКЛ ВРК-LRN *Работай-учись Всемирный РАБОЧАЯ НАГРУЗКА Рабочая нагрузка WMS ВОМ СТД Женские исследования ВСК WATRSCI * Науки о воде ХХХ ИНВ ID *Недопустимый идентификатор курса ГГГ НЕДЕЙСТВИТЕЛЬНЫЙ *Недопустимый идентификатор курса ЗОО ЗООЛОГИЯ *Зоология

Химия и биохимия — Хантингдонский колледж

Классы небольшие, и каждый специалист по химии или биохимии завершает исследование студентов бакалавриата на факультете, укрепляя свои знания и навыки и улучшая свое резюме.

Химический факультет

Программы обучения

  • Биохимия
  • Биохимия/Домедицина
  • Химия

Несовершеннолетний

Подготовка к профессиональному изучению стоматологии, инженерии, судебной медицины, медицины, оптометрии, фармации, ветеринарии, фельдшера и кандидата медицинских наук. программы.

Требования к курсам и описания можно найти в Каталоге Хантингдонского колледжа.

Почему Хантингдон?

Наша цель в Хантингдоне — ваш успех.Широкая учебная программа и небольшие классы обеспечивают атмосферу «Знай и будь известен» с индивидуальным вниманием со стороны преподавателей, которые будут наставлять вас на пути к карьере. Критическое мышление — навык, востребованный работодателями и выпускниками программ, — укрепляется на каждом курсе Хантингдона.

Программы химии/биохимии Хантингдона предлагают ряд преимуществ, в том числе:

  • Каждый специалист по химии/биохимии проводит два оригинальных исследовательских проекта в младших и старших классах, работая вместе с профессорами.
  • Студенты имеют возможность публиковать исследования и/или выступать на региональных, национальных или международных собраниях Всемирного химического конгресса и Американского химического общества.
  • Практическое лабораторное обучение использованию современных приборов (ГХ, УФ-видимого и видимого спектра, Фурье-ИК, поляриметр, электрофорез в ПААГ и ИСП-ОЭС) и исследованиям в области вычислительной химии являются частью программы.
  • Конкурсные стажировки были направлены студентам в Лабораторию судебной экспертизы штата Алабама, ФБР, Национальные лаборатории Лос-Аламоса и Брукхейвена, клинику Мэйо, Институт исследований экосистем, Институт геофизических наук Карнеги, UAB судебной химии, аптеки, больницы и лаборатории.
  • Поездки департамента доставляют студентов в аптеки, аспирантуру и медицинские школы.
  • Хантингдонский колледж предлагает степень бакалавра биохимии, аккредитованную Американским обществом биохимии и молекулярной биологии. Посетите веб-сайт АСБМБ. Летние стипендии

    доступны в Merck, программе летней ядерной школы Министерства энергетики США и других программах с опытом работы в летних программах REU Национального научного фонда.

  • Pre-Professional Advisors Group готовит студентов, заинтересованных в поступлении на профессиональные медицинские программы, а также бесплатный недельный учебный лагерь по химии и программу SMART для студентов, готовящую студентов к PCAT, MCAT и ДАТ.
  • Преподаватели и преподаватели еженедельно проводят дополнительное обучение (SI).
  • Путешествие/учеба в течение последнего года обучения в рамках плана Huntingdon Plan, который также включает портативный компьютер, книги и информационные ресурсы, предоставляемые в рамках обычных расходов. Поездки под руководством химического факультета включают туры в Китай, Германию, Австралию, Гавайи и Новую Зеландию (2018 г.).
  • Помимо классной комнаты, Хантингдон предлагает активное и отмеченное национальными наградами студенческое отделение Американского химического общества (ACS).

Объекты

Научные лаборатории и классы Хантингдона расположены в историческом Беллинграт-холле. Студенты Хантингдона, обучающиеся в лабораториях химии и биохимии, получают практические инструкции по использованию передового оборудования

Программа SMART

Студенты, которые заинтересованы в прохождении вступительного экзамена в медицинский колледж (MCAT), вступительного экзамена в фармацевтический колледж (PCAT) или вступительного экзамена в стоматологический колледж (DAT), могут участвовать в программе SMART.SMART предоставляет доступ к практическим онлайн-тестам MCAT Американской ассоциации медицинских колледжей, онлайн-тестам и учебным пособиям PCAT Professor или образцам онлайн-экзаменов и учебных пособий DAT. Результат: подготовка к максимально возможным баллам на этих тестах.

Факультет

Ставки размещения

Квалификационные курсы по специальности «Химия и биохимия»

Тип программы Применение Принято Процент
Медицинская школа 19 14 74%
Аптека 31 31 100%
Стоматологическая школа 6 4 67%
Тел.D./Выпускные программы 14 14 100%

1997–2018 гг. Зачисление по специальностям «Биохимия» и «Химия»

Тип программы Применение Принято Процент
Аптека 49 48 98%
Программы докторантуры/аспирантуры 38 38 100%
Медицинская школа 28 24 86%
Стоматологическая школа 8 6 75%
Юридический факультет 6 6 100%
Школа богословия 2 2 100%

(124 приема в ПТУ по специальностям биохимия и химия, 1997–2018 гг.).)

Выпускники

выпускников факультета химии и биохимии Хантингдона были приняты в школы уважаемых медицинских профессий и получили докторскую степень. программы с регулярностью. Точно так же студенты-химики из Хантингдона были приняты в сильные программы летней стажировки / стипендии.

  • Медицинские школы: Университет Алабамы в Бирмингеме, Университет Индианы, Университет Южной Алабамы, Вооруженные силы, Ибероамериканский университет (D.Rep.), Университет Оклахомы
  • Школы остеопатической медицины: Эдвард Виа Вирджиния, Западная Вирджиния, Филадельфия, штат Мичиган, Колледж Пайквилля, Алабамский колледж остеопатической медицины, Обернский университет
  • Фармацевтические школы: Обернский университет, Сэмфордский университет, Университет Луизианы, Университет Мерсера, Южный университет (С.C.), Южный колледж (Теннесси), Университет Южной Невады, Флоридский университет A&M, Белмонтский университет, Государственный университет Огайо
  • Школы стоматологии: Университет Алабамы в Бирмингеме, Университет Темпл, Университет Флориды
  • Кандидат наук/магистр наук программы: Йельский университет, Университет Джона Хопкинса, Университет Дьюка, Университет Эмори, Канзасский университет, Университет Колорадо, Университет Невады, Университет Миссисипи, Университет Вандербильта, Вашингтонский университет, Вашингтонский университет, Технологический институт Джорджии, Государственный университет Флориды, Университет Флориды , Университет Айовы, Университет Нью-Хейвена, Университет Мемфиса, Университет Джорджии, Университет Южной Каролины, Университет Теннесси, Университет Северной Каролины-Гринсборо, Университет Джорджа Мейсона, Обернский университет, Университет штата Мичиган, Университет Алабамы (Таскалуса) , Бирмингем и Хантсвилл), Университет Цинциннати, Университет Льюиса и Кларка, Университет Индианы, Вашингтонский университет, Университет Южного Миссисипи
  • Наши выпускники работают учителями химии в старших классах и профессорами химии в колледжах и университетах США.С., и как исследователи и во множестве профессий.

границ | Генетическая регуляция метаболитов печени и транскриптов, связанных с биохимически-клиническими параметрами

Введение

Метаболиты являются субстратами или продуктами метаболизма. Как одна из основных «омик-технологий», метаболомика может преодолеть разрыв между фенотипом и генотипом из-за тесной связи метаболитов с клеточными биохимическими процессами (Cascante and Marin, 2008). Метаболом представляет собой конечный уровень «omics-» на карте генотип-фенотип и отражает изменения в фенотипе и функции, тогда как транскриптом и протеом действуют как медиаторы потока (Ryan and Robards, 2006).Высокопроизводительное метаболическое профилирование — это высокопроизводительный анализ, подходящий для рутинного измерения эндогенных метаболитов и метаболических признаков, связанных с проблемами со здоровьем (Johnson et al., 2010). Недавние достижения в биоаналитических технологиях позволяют проводить полногеномные ассоциативные исследования с метаболомикой (mGWAS), основанные на предположении, что биохимическая функция варианта гена отражается различными уровнями метаболитов, которые являются субстратами, продуктами или лигандами этого продукта гена. Адамски и Сухре, 2013).

Ассоциация однонуклеотидного полиморфизма (SNP) с метаболическим признаком указывает на то, что метаболический фенотип является либо причиной, либо следствием метаболического состояния. Соответственно, это позволяет строить биологические гипотезы о роли этого метаболита в фенотипе организма (Kathiresan et al., 2009; Franke et al., 2010). В нескольких исследованиях сообщалось о локусах метаболических количественных признаков (mQTL) или mGWAS для концентраций метаболитов в сыворотке крови человека (Gieger et al., 2008; Illig et al., 2010; Николсон и др., 2011). Генетические влияния на метаболиты крови у здоровых людей могут быть обнаружены путем объединения генетических вариантов и метаболических признаков (Shin et al., 2014; Draisma et al., 2015).

Регуляторные механизмы между уровнями транскриптов и метаболитов до сих пор недостаточно изучены. Таким образом, интеграция транскриптомики и метаболомики может прояснить взаимосвязь между генами и их транскриптами, метаболитами и исходными уровнями в клетках, как сообщалось в микробных, растительных и животных системах (Hoefgen and Nikiforova, 2008; Yang et al., 2009; Ябушита и др., 2013). Исследования локусов количественных признаков экспрессии (eQTL) являются мощным инструментом функциональной геномики, выявляющим генетические локусы, влияющие на уровни транскрипции РНК. Исследования eQTL облегчают раскрытие биологических механизмов, которые опосредуют регуляцию генов и построение сложных молекулярных сетей для метаболических, биохимически-клинических и гематологических признаков (Ponsuksili et al., 2011, 2012, 2016). Исследования eQTL предполагают потенциальную ценность дополнительных исследований ассоциации с другими молекулярными признаками, такими как эндокринные или метаболические фенотипы (Ponsuksili et al., 2012; Газалпур и др., 2014).

Учитывая центральную роль печени в метаболических и иммунных функциях, мы предположили, что изменение признаков, связанных с метаболическим состоянием и производительностью, в значительной степени отражается метаболитами и транскриптами печеночных метаболических путей. Здесь мы охарактеризовали генетический ландшафт метаболитов печени свиньи и связали профили печеночных метаболитов и транскриптомы, а также биохимически-клинические признаки плазмы у свиней. Анализ коррелированных с признаками печеночных метаболитов и mQTL вместе с нашими предыдущими результатами eQTL дает точную карту локусов, контролирующих метаболические профили.Поскольку свиньи являются ценными моделями, эти знания обеспечивают рациональную основу не только для понимания физиологии свиней, но и для медицинских исследований на людях.

Материалы и методы

Животные и коллекция образцов

свиней из стада немецких ландрасов были выращены, протестированы на работоспособность, отобраны образцы и использованы для полногеномных ассоциативных исследований метаболитов печени. Процедуры ухода за животными и сбора тканей были одобрены Комитетом по уходу за животными Института биологии сельскохозяйственных животных им. Лейбница и проводились в соответствии с утвержденными рекомендациями по обеспечению надлежащей научной практики в учреждениях Ассоциации Лейбница.Были приняты меры для сведения к минимуму боли и дискомфорта в соответствии с указаниями, изложенными в Директиве Совета 86/609/ЕЭС от 24 ноября 1986 г. Ветеринарная проверка живых свиней, их туш и органов после убоя подтвердила отсутствие каких-либо нарушений, заболеваний. симптомы или патологические признаки, чтобы избежать смещения фенотипов крови. Образцы печени и крови были взяты у свиней в среднем возрасте 170 дней на экспериментальной бойне Института биологии сельскохозяйственных животных им. Лейбница в возрасте 8 лет.00 и 10.00 утра.

Измерение аналита плазмы

Концентрации кортизола в плазме (суммарные) определяли с использованием имеющихся в продаже иммуноферментных анализов (DRG, Марбург, Германия) в двух повторностях в соответствии с протоколом производителя. Биохимико-клинические параметры образцов крови определяли с помощью автоматизированного анализатора (Fuji DriChem 4000i, FujiFilm, Minato, Япония), включая альбумин (ALB), аммиачный азот (NH 3 ), азот мочевины крови (BUN), глюкозу (GLU). ), неорганический фосфор (IP) и креатинин (CREA).

Метаболическое профилирование

В общей сложности 350 отдельных образцов свиной печени от тех же животных, которые использовались для биохимически-клинических анализов плазмы крови, были подвергнуты профилированию метаболитов. Печень измельчали ​​в атмосфере жидкого азота до однородной смеси, а затем разделяли для экстракции с использованием двухэтапных методов экстракции Wu et al. (2008). Мы гомогенизировали 50 мг порошка замороженной печени в 4 мл/г холодного метанола и 0,85 мл/г холодной воды в пробирках для гомогенизации, содержащих керамические шарики.Использовали три внутренних стандарта, включая 1 мМ рибитола и 0,2 мМ пальмитиновой кислоты-d31 для ГХ-МС, 250 мкМ камфорсульфоновой кислоты для ЖХ-МС. Гомогенаты переносили в стеклянные флаконы на 1,8 мл и смешивали с 2 мл/г хлороформа. Образцы встряхивали в течение 60 с, оставляли на льду на 10 мин для разделения и центрифугировали. Полярные и неполярные слои удаляли и сушили, хотя в этом исследовании мы сосредоточились только на метаболитах полярной фазы. Мы проанализировали образцы с использованием нецелевого инструментария для профилирования метаболизма, сочетающего две платформы: ГХ-МС и ВЭЖХ-МС.Оба метода представляют относительное количество метаболитов на образец печени (25 мг сырого веса печени на образец). После экстракции образцы разделяли для анализа ГХ-МС и ВЭЖХ-МС, замораживали и лиофилизировали. Подробная информация о настройках ГХ-МС и ВЭЖХ-МС приведена в соответствии с инструкциями производителя. Вкратце, лиофилизированные образцы дериватизировали и центрифугировали. Супернатант переносили в новый флакон перед инъекцией для ГХ-МС. Качественный и количественный анализы проводили с использованием программного обеспечения ChromaTOF v4.50.8.0 (Корпорация LECO, США). ВЭЖХ-МС анализ проводили с использованием жидкостной хроматографической системы Agilent серии 1100 (microOTOF, Bruker Daltonik GmbH, Германия). Для анализа лиофилизированные экстракты печени и контрольные образцы растворяли в 100 мкл воды и центрифугировали. Для хроматографического разделения 5 мкл каждого образца вводили в колонку Synergi 2,5 мкм Fusion RP, прикрепленную к защитной колонке из того же материала (дополнительные методы, лист данных 1). Идентификацию метаболитов верифицировали и анализировали с использованием программного обеспечения DataAnalysis v4.0 и QuantAnalysis v2.0 (Bruker Daltonik GmbH, Германия).

Генотип SNP и данные профиля экспрессии мРНК

Генотипирование однонуклеотидного полиморфизма и профилирование экспрессии мРНК в печени проводили с использованием образцов животных, идентичных биохимически-клиническим анализам плазмы крови и профилированию метаболитов печени. Вкратце, генотипирование проводили с использованием PorcineSNP60 BeadChip (Illumina Inc., Сан-Диего, Калифорния, США) в соответствии с протоколом анализа SNP Infinium HD производителя.Образцы с частотой вызовов <99%, маркерами с низкой частотой минорных аллелей (<5%) и маркерами, сильно отклоняющимися от равновесия Харди-Вайнберга ( p <0,0001), были исключены. Средняя частота вызовов для всех выборок составила 99,8% ± 0,2 после фильтрации.

Тотальную РНК

выделяли из печени и амплифицировали с использованием набора Ambion WT Expression (Affymetrix, Thermo Fisher Scientific, Уолтем, Массачусетс, США). Затем кДНК фрагментировали, метили и гибридизовали с микрочипом с использованием стандартных протоколов Affymetrix.Для определения профилей экспрессии использовали микрочипы Affymetrix Porcine Snowball, содержащие 47 880 наборов зондов. Программное обеспечение Affymetrix Expression Console использовалось для надежной нормализации среднего мультичипа и обнаружения генов с применением алгоритма обнаружения выше фона. Данные экспрессии доступны в общедоступном репозитории Gene Expression Omnibus (инвентарный номер GEO GSE83932: GSM2221843-GSM2222139). Дальнейшая фильтрация проводилась путем исключения транскриптов с низким уровнем сигнала и зондов, которые присутствовали в <80% образцов.Всего 24 904 зонда прошли фильтрацию по качеству и были использованы для дальнейших анализов. И мРНК, и SNP были картированы в эталонном геноме свиньи с использованием Sscrofa 10.2 (Ensembl, загруженного из NCBI).

Предварительная обработка данных и статистический анализ

После контроля качества и фильтрации метаболитов с низкими концентрациями и образцов с низкими концентрациями аналитов, а также животных с выбросами 74 из 90 метаболитов от 343 особей были дополнительно проанализированы. Z-показатель для каждого метаболита рассчитывали как: (относительный уровень метаболита в образцах – среднее значение уровня метаболита в образцах)/ SD уровней метаболита в образцах.Данные о метаболитах были дополнительно обработаны для учета системных эффектов. Анализ дисперсии смешанной модели с использованием JMP Genomics (Институт SAS, Кэри, Северная Каролина, США) использовался для корректировки фиксированных и случайных эффектов. Матрица генетического сходства между людьми сначала вычислялась как идентичность по происхождению каждой пары для k-матрицы и рассматривалась как случайный эффект. Для контроля стратификации населения главные главные компоненты (ПК), объясняющие >1% вариаций, рассматривались как ковариаты.Всего в качестве ковариат было включено 15 ПК. В качестве фиксированного эффекта использовали пол, в качестве случайного эффекта использовали измерения количества метаболитов, а в качестве ковариации рассматривали массу туши. Остатки были сохранены для дальнейшего анализа.

Анализы

метаболитных QTL (mQTL) проводились с использованием R-package Matrix eQTL (Шабалин, 2012). Matrix eQTL проверяет связь между уровнями каждого SNP и остаточного метаболита, моделируя аддитивные эффекты генотипов в модели наименьших квадратов (Шабалин, 2012).Он выполняет отдельный тест для каждой пары метаболит-SNP и корректирует множественные сравнения, вычисляя частоту ложных открытий (FDR).

Остаточные количества транскриптов мРНК после поправки на фиксированные эффекты (пол), случайные эффекты (матрица генетического сходства) и ковариаты (17 основных ПК, объясняющих > 1% вариаций; вес туши) использовались для анализа eQTL с помощью того же процесса, что и для mQTL в нашем предыдущем исследовании (Ponsuksili et al., 2016). Мы определили eQTL как цис, если ассоциированный SNP был расположен в пределах области <1 Мб от набора зондов/гена.

Остаточные уровни мРНК и метаболитов использовались для анализа плейотропной ассоциации для выявления общих областей. Для анализа плейотропных ассоциаций использовали многомерный дисперсионный анализ (MANOVA) между остаточными уровнями метаболитов и транскриптов мРНК и данными генетических маркеров.

Анализ сети коэкспрессии взвешенных генов (WGCNA)

Остатки уровней мРНК и метаболитов также использовались для построения сетей коэкспрессии/совместного изобилия с использованием функции блочных модулей пакета анализа сети коэкспрессии взвешенных генов (WGCNA) в R (Langfelder and Horvath, 2008; Ponsuksili et al. ., 2015). Ассоциации модуль-признак оценивались с использованием корреляции между собственным геном модуля, который является первым ПК модуля транскриптов и метаболитов, и биомаркеров плазмы. Корреляции метаболитов с биохимико-клиническими признаками и уровнями транскриптов мРНК оценивали с использованием коэффициентов Спирмена и корректировали на множественные сравнения путем расчета FDR. Сети генов и метаболитов визуализировали с помощью Metscape 2 (Karnovsky et al., 2012).

Измерения НАДФ/НАДФН

Для проверки корреляций, обнаруженных между транскриптами и метаболитами пентозофосфатного пути (ПФП), концентрацию НАДФН и соотношение НАДФ/НАДФН измеряли в тканях печени случайной подгруппы животных ( n = 27) с использованием НАДФ/ Набор для анализа NADPH (Abcam, Кембридж, Великобритания) в соответствии с инструкциями производителя.Вкратце, 50 мг печени промывали и гомогенизировали буфером для экстракции, а затем центрифугировали для выделения супернатанта, содержащего НАДФН/НАДФ+. Супернатант фильтровали через спин-колонку 10 кДа для удаления ферментов, которые могут быстро поглощать НАДФН. Аликвоту супернатанта нагревали при 60°С в течение 30 мин для разложения НАДФ+, охлаждали на льду и быстро центрифугировали для удаления осадка. Другую аликвоту супернатанта не нагревали. Обе аликвоты реагировали с циклическим буфером NADP+ и смесью ферментов в течение 5 минут при комнатной температуре для превращения NADP+ в NADPH.Затем растворы инкубировали с проявителем NADPH и измеряли оптическую плотность при 450 нм через 1, 2 или 3 часа. Количество НАДФН (нагретый образец) и общее количество НАДФ+ и НАДФН (ненагретый образец) определяли количественно по стандартной кривой НАДФН. В тех же образцах уровни экспрессии HDAC4 и G6PD , который является первым лимитирующим ферментом PPP, определяли с помощью КПЦР. Использовали три эталонных гена ( RPL32, RPS11 и ACTB ), и все измерения проводили в двух повторах.

Культура клеток и трансфекция миРНК

клеток HepG2 человека культивировали в среде DMEM, содержащей L -глутамин, 4,5 г/л D -глюкозы и пируват натрия (Life Technologies) с добавлением 10% FBS, 100 ЕД/мл пенициллина и 100 мкг/мл стрептомицина. ; среду обновляли каждые 2 дня. Инкубацию клеток проводили при 37°C во влажной атмосфере 5% CO 2 . Синтетические миРНК были предварительно разработаны компанией Qiagen. Сначала было протестировано в общей сложности четыре предварительно сконструированных миРНК (Qiagen) на каждый ген.Были использованы две самые эффективные миРНК для HDAC4 (миРНК Hs_HDAC4_3 FlexiTube и миРНК Hs_HDAC4_7 FlexiTube). Средние значения отрицательного контроля siRNA без молчания (AllStars Negative Control siRNA, Qiagen), имитатора и необработанного использовали в качестве контроля. Трансфекцию миРНК проводили с использованием реагента для трансфекции HiPerFect (Qiagen) в конечной концентрации 150 нМ. Комплексы добавляли по каплям на клетки, а затем планшеты осторожно вращали, чтобы обеспечить равномерное распределение трансфекционных комплексов.Через сорок восемь часов после трансфекции миРНК клетки дважды промывали PBS. Трансфицированные клетки собирали для наблюдения за эффектом сайленсинга генов. Было проведено три независимых эксперимента. Мы определили уровень нокдауна HDAC4 и G6DP с помощью количественной ПЦР (кПЦР) (Roche, Германия) и нормализовали данные, используя ß-актин в качестве внутреннего контроля. Все статистические анализы проводились с использованием двусторонних критериев Стьюдента t .

Результаты

В этом исследовании были проанализированы и интегрированы связи между биомаркерами плазмы, печеночными метаболитами, транскриптами и генотипами, полученными от примерно 300 животных, выращенных и протестированных в стандартных условиях.Таким образом, были получены сети между метаболитами и транскриптами; как из анализа одиночной, так и взвешенной корреляционной сети (WGCNA) транскриптов и метаболитов (Langfelder and Horvath, 2008; Ponsuksili et al., 2015). Генетическая регуляция метаболитов (mQTL) была идентифицирована и объединена с полногеномным ассоциативным исследованием уровней транскриптов (eQTL) (Ponsuksili et al., 2016). Рассмотрены плейотропные эффекты генетических областей, которые согласованно регулируют транскрипты и метаболиты.Наконец, были интегрированы mQTL, eQTL и фенотип биохимически-клинического анализа крови. Экспериментальный поток показан на рисунке 1.

Рис. 1. Схема экспериментального потока и сводка основных результатов.

Определение профиля метаболита

Всего мы исследовали 74 метаболита печени 343 свиней с помощью масс-спектрометрии и обнаружили значимые корреляции между метаболитами (рис. 2). Большинство метаболитов одного и того же класса молекул, таких как аминокислоты или нуклеотиды, сгруппированы вместе.Анализ обогащения набора метаболитов 74 метаболитов выявил наивысшее обогащение для биосинтеза белка (16/19), за которым следуют глюконеогенез (14/27) и гликолиз (12/21) (рис. 3). Пути, которые достигли FDR < 5%, перечислены в дополнительной таблице S1 вместе с метаболитами в этих путях.

Рис. 2. Тепловая карта корреляции для 74 метаболитов, измеренных в печени свиньи. На тепловой карте красный цвет показывает положительную корреляцию, а синий — отрицательную.

Рисунок 3. Анализ обогащения 74 метаболитов. Наибольшее обогащение было обнаружено для биосинтеза белка (16/19), за которым следовали глюконеогенез (14/27) и гликолиз (12/21).

Биохимико-клинические признаки и метаболиты

метаболитов печени использовали для корреляционного анализа с утвержденными биохимически-клиническими биомаркерами плазмы (ALB, NH 3 , BUN, GLU, IP, CREA и уровни кортизола). С помощью WGCNA были идентифицированы три основных класса метаболитов с одинаковым профилем, включая углеводы, аминокислоты и нуклеотиды.Было обнаружено, что GLU плазмы сильно положительно коррелирует с вектором собственного гена углеводного модуля и отрицательно коррелирует с аминокислотным модулем (рис. 4А).

Рис. 4. Корреляционная матрица значений собственных генов модулей, полученных для метаболитов, транскриптов и биомаркеров плазмы. Анализ взвешенной сети коэкспрессии генов (WGCNA) группирует метаболиты и транскрипты в модули на основе коррелированного содержания. Каждый из модулей был помечен уникальным цветом в качестве идентификатора. (A) Три модуля метаболитов, включая аминокислоты, углеводы и нуклеотиды, демонстрируют значительную корреляцию с биомаркерами плазмы. (B) Семь модулей коэкспрессированных транскриптов демонстрируют значительную корреляцию с тремя модулями метаболитов. В каждой ячейке верхние значения представляют собой коэффициенты корреляции, а нижние значения представляют собой соответствующие p -значения. Канонические пути, относящиеся к генам этих семи модулей коэкспрессируемых генов, приведены слева.

При уровне значимости FDR <5% мы идентифицировали 197 пар коррелированных печеночных метаболитов и биомаркеров плазмы (дополнительная таблица S2). Корреляции между метаболитами и биохимико-клиническими признаками колебались от 0,12 до 0,78. В целом, наблюдалась расходящаяся корреляция биохимико-клинических биомаркеров с метаболитами, связанными с углеводами или аминокислотами, с одной стороны, и метаболизмом нуклеотидов, с другой стороны. В частности, мочевина в печени достоверно коррелировала с азотом мочевины в плазме ( r = 0.78; p < 10 -16 ), как и печень D -глюкоза с GLU плазмы ( r = 0,45; p < 10 -16 ). Значительно отрицательные корреляции были обнаружены между GLU плазмы и цитидинмонофосфатом (CMP), инозинмонофосфатом (IMP) и гуанозинмонофосфатом (GMP) ( r = 0,56–0,29; p < 10 -8 ). CREA плазмы значительно отрицательно коррелировал со многими аминокислотами, включая L -изолейцин, L -тирозин, L -лейцин, L -треонин, L -валин и L ( -аспарагин). г = 0.13–0,17; p < 10 -3 ). Кроме того, 4-гидроксил- L -пролин в печени достоверно положительно коррелировал с CREA плазмы ( r = 0,32; p = 1 × 10 -9 ). Интересно, что уровень кортизола в плазме достоверно отрицательно коррелировал с печенью D -глюкозой ( r = 0,29; p = 1 × 10 -7 ) и лактатом ( r = 0,20; p 936). -7 ) и положительно коррелирует с ИМФ ( r = 0.35; p = 9,9 × 10 -11 ) и CMP ( r = 0,30; p = 2,3 × 10 -8 ).

Транскрипты и метаболиты

Анализ взвешенной сети коэкспрессии генов был выполнен с использованием данных транскриптома из 24 904 транскриптов печени. Семь модулей совместно экспрессируемых транскриптов сильно коррелировали с классами метаболитов, как показано на рисунке 4B. Совместно экспрессируемые транскрипты в каждом модуле были отнесены к трем основным каноническим путям (рис. 4В).Аминокислотный модуль значительно положительно коррелировал с сигналами иммунной или острой фазы ответа, тогда как углеводный модуль был сильно обогащен биосинтезом холестерина. Мы исследовали транскрипционные изменения не только с точки зрения сетей совместной экспрессии генов, но и на уровне отдельных генов. Попарные корреляции между количеством 24 904 транскриптов печени и 74 метаболитов у 297 человек выявили 5643 пары метаболит-мРНК с коэффициентами корреляции r > |0.40|, что соответствует p < 3,4 × 10 -12 и FDR < 1,1 × 10 -9 . Это охватывало 47 метаболитов и 1099 аннотированных транскриптов (1449 наборов зондов). В дополнительной таблице S3 показаны 20 лучших транскриптов, которые коррелируют с отдельными метаболитами. Сетевой подход был использован для демонстрации наибольшей взаимосвязи между транскриптами и метаболитами (рисунок 5 и дополнительная таблица S3). Наиболее доминирующие пути в этих верхних парах метаболитов и мРНК были связаны с PPP ( D -рибозо-5-фосфат, амино- D -фруктозо-6-фосфат, D -седогептулозо-7-фосфат, D — эритрозо-4-фосфат), пуриновый (ГМФ, ГДФ, ИМФ) и пиримидиновый метаболизм (УМФ и ЦМФ).

Рис. 5. Корреляция между уровнем транскрипта мРНК и метаболитами. Показаны основные метаболиты с сильной корреляцией с транскриптами ( r > ± 0,5, p < 10 -16 ). Красные соединения указывают на положительную корреляцию, а синий цвет указывает на отрицательную корреляцию. Уровень корреляции демонстрируется толщиной линии. Метаболиты показаны в зеленых прямоугольниках, а гены — в белых.

Сильно отрицательная корреляция была обнаружена между LOC100738008 (печеночный белок, индуцируемый гормонами щитовидной железы, THRSP ) с ИМФ и ЦМФ ( r = -0.75 p < 10 -16 ), за которым следует HDAC4 с D -эритрозо-4-фосфатом ( r = -0,69, p < 10 -936 936). Уровни экспрессии HDAC4 сильно положительно коррелировали с CMP, IMP и UMP. Напротив, уровни HDAC4 сильно отрицательно коррелировали с метаболитами в углеводном обмене, особенно с метаболитами PPP, включая D -фруктозу, D -глюкозу, глюкозо-6-фосфат, D -эритрозо-4-фосфат, фруктозу 6. -фосфат, фумаровая кислота, L -молочная кислота, малат, D -рибозо-5-фосфат, D -седогептулозо-7-фосфат и янтарная кислота.Кроме того, была обнаружена сильная положительная корреляция между CMP и NMRAL1 ( r = 0,72; p < 10 -16 ). Кроме того, уровни транскриптов ARG2 , за которыми следует SLC22A7 (переносчик органических анионов), XRCC6BP1, SLC38A1 и SLC7A2 , сильно коррелировали с большинством аминокислот.

Измерения НАДФ/НАДФН

Поскольку РРР доминантно связан с HDAC4 , мы измерили концентрацию НАДФН и соотношение НАДФ/НАДФН, т.е.е., основные продукты PPP, а также уровни экспрессии HDAC4 и G6PD , ключевого фермента PPP, чтобы предоставить экспериментальные доказательства связи транскриптов и активности PPP. Используя количественную ПЦР, мы обнаружили значительную корреляцию между концентрацией НАДФН и уровнями экспрессии HDAC4 и G6PD . Мы подтвердили уровни экспрессии HDAC4 , полученные из микрочипа с помощью количественной ПЦР ( r = 0,93; p <0,0001), в то время как G6PD не был доступен на чипе Affymetrix.Уровни экспрессии HDAC4 положительно коррелировали с NADP/NADPH ( r = 0,78; p <0,0001) и отрицательно коррелировали с концентрацией NADPH ( r = -0,71; p <1 0,0001). G6PD имел значительную отрицательную корреляцию с HDAC4 ( r = -0,44; p = 0,02), но положительную корреляцию с концентрацией NADPH ( r = 0,61 и p = 0,0002) /НАДФН ( г = -0.47; р = 0,012). Экспрессия G6PD также коррелировала с метаболитами PPP, включая эритрозо-4-фосфат, седогептулозо-7-фосфат, D -глюкозо-6-фосфат и фруктозо-6-фосфат ( r = 0,58–0,63; p = 0,0012). –0,0004).

HDAC4 Нокдаун и G6PD Экспрессия

Для дальнейшего экспериментального выяснения связи экспрессии HDAC4 и G6PD РНКи использовали для нокдауна экспрессии HDAC4 in vitro в линии клеток HepG2 человека.Затем относительную экспрессию G6PD измеряли с помощью количественной ПЦР. миРНК, нацеленная на HDAC4 , ингибировала его экспрессию на 70–80% по сравнению с контрольными клетками ( p <0,004). В то же время G6PD показал повышенный уровень экспрессии до 120–130% по сравнению с контролем ( p < 0,003), что привело к выраженной дифференциальной экспрессии между HDAC4 и G6PD ( p = 0,0002) (рис. 6). ).

Рис. 6. Нокдаун HDAC4 с помощью РНК-интерференции показывает активацию G6PD . Две siRNAs siHDAC4_7 и siHADC4_3 были сконструированы для нацеливания на HDAC4 и трансфецированы в клетки HepG2 человека in vitro . Относительную экспрессию мРНК измеряли с помощью количественной ПЦР через 48 ч после трансфекции. Экспрессию нормализовали до внутреннего контроля ß-актина. Экспрессия G6PD была значительно повышена по сравнению с его экспрессией в контрольных клетках и уровнями HDAC4 через 48 ч после трансфекции миРНК.Данные представляют собой средние значения ± SD ( n = 3).

Общегеномная ассоциация метаболитов (mQTL)

Полногеномное ассоциативное исследование, охватывающее 48 909 генотипов SNP и 74 метаболита, выявило 180 значимых mQTL, которые соответствовали 30 метаболитам и 173 SNP при пороговом значении –log 10 > 4 (дополнительная таблица S4). В таблице 1 перечислены 10 ведущих ассоциаций. Только гидрокси- L -пролин достиг порога значимости FDR < 5%, в то время как другие три метаболита (цитрат, цистеин и бета-аланин) показали предполагаемый mQTL при FDR ≤ 10%.Процентная фенотипическая дисперсия, объясняемая пиковыми маркерами для этих четырех метаболитов, составила 6,7–9,4%. На рис. 7 показаны ассоциации этих четырех метаболитов в разных хромосомах свиньи. Самая сильная ассоциация была для транс-4-гидрокси- L -пролина с SNP в 39,9 Мб на хромосоме 6 ( p = 6 × 10 -9 ) (таблица 1 и рисунок 7A). Маркеры в положении 53 Mb хромосомы 18 показали значительную связь с бета-аланином (рис. 7B). Для лимонной кислоты (рис. 7C) и цистеина (рис. 7D) важные маркеры были нанесены на карту в различных областях генома.

Таблица 1. 10 лучших результатов mQTL.

Рисунок 7. Графики Manhattan, отображающие полногеномные ассоциации SNP и метаболитов (mQTL). (A) Транс-4-гидрокси- L -пролин, (B) бета-аланин, (C) лимонная кислота и (D) цистеин. Пунктирная линия изображает пороги значимости для всего генома при отрицательном log 10 > 4.

mQTL, eQTL и метаболиты, коррелирующие с транскриптом

Области Metabolic QTL содержат многочисленные позиционные гены-кандидаты, в зависимости от уровня неравновесия по сцеплению.Чтобы поддержать и сузить количество генов-кандидатов в регионах, мы объединили наши предыдущие данные eQTL от тех же свиней (Ponsuksili et al., 2016). Многие SNP, связанные с метаболитами, также были связаны с транскриптами. В нашем предыдущем исследовании 6865 eQTL были идентифицированы как цис, принадлежащие к 1028 наборам зондов (814 аннотированных транскриптов) при FDR <5% ( p <10 -7 ). Кроме того, 687 SNP, которые были связаны с транскриптами мРНК (332 набора зондов), были связаны с одним из 74 метаболитов.

Кроме того, мы учитывали только те метаболиты, которые значимо коррелировали с транскриптами мРНК при FDR < 5%. В общей сложности 144 SNP были связаны с 44 метаболитами и 69 коррелированными с метаболитами транскриптами, что составляет 176 mQTL и eQTL (дополнительная таблица S5). Девятнадцать из этих 144 SNP на хромосоме Sus scrofa (SSC) 6 связаны с транс-4-гидрокси- L -пролином ( p < 6,0 × 10 -9 –1,1 × 10 -4 ) . Эти SNP были одновременно связаны с уровнями транскриптов PRODh3 ( p < 4.7 × 10 -26 –4,9 × 10 -11 ). Более того, транс-4-гидрокси- L -пролин отрицательно коррелировал с PRODh3 ( r = -0,40; p = 1,6 × 10 -12 ). Анализ плейотропной ассоциации также показал SNP-направленные связи между транс-4-гидрокси- L -пролином и PRODh3 с 91 SNP на SSC ​​6 (FDR <5%) (рис. 8A).

Рис. 8. Плейотропные ассоциации метаболитов и мРНК.Манхэттенские графики плейотропных ассоциаций между метаболитами и экспрессией мРНК. Плейотропная ассоциация этих транскриптов и метаболитов (всех признаков) была значимой (FDR ≤ 5%). (A) цис-eQTL PRODh3 и mQTL для транс-4-гидрокси- L -пролина в непосредственной близости от хромосомы 6, (B) цис-eQTL IGFBP3 и mQTL для бета- аланин в непосредственной близости на хромосоме 18 и (C) цис-eQTL STAB2 на хромосоме 5 и MFHAS1 на хромосоме 15 с mQTL для цитрата, малата, пирувата, сукцината и D -фруктозы.Ось x указывает расположение хромосом, а ось y показывает -log10 из p -значений многомерного дисперсионного анализа (MANOVA). Пунктирная линия показывает уровни p значений, которые являются значимыми при 5% FDR.

При 5% FDR шесть SNP в положении 53,4–54,9 Mb на SSC ​​18 были связаны с уровнями бета-аланина и транскрипта IGFBP-3 (рис. 8B). Корреляция между уровнями бета-аланина и транскрипта IGFBP-3 составила r = –0.17 и p = 2,8 × 10 -3 . В других случаях SNP, расположенные в SSC 7 позиции 20,5 Мб, связанные с уровнями транскрипта ALDH5A1 ( p = 5,1 × 10 -13 ), также были связаны с бета-аланином, хотя и при FDR > 5%. Корреляция между ALDH5A1 и бета-аланином была очень значимой ( r = –0,24; p = 2,7 × 10 -5 ). Наиболее высокая корреляция была обнаружена между уровнями транскриптов DPYS и 3-гидроксибутирата ( r = –0.45; p = 2,6 × 10 -15 ). Три SNP, расположенные в позиции SSC 4 35,6 Мб, были связаны с DPYS ( p = 6,6 × 10 -11 ) и, на более низком уровне значимости, с 3-гидроксибутиратом ( p = 1,9 × 10 — 3 ). Как показано на рисунке 7C, важные маркеры, связанные с цитратом, картированы в различных областях генома. Комбинируя eQTL, mQTL и корреляцию соответствующих мРНК и метаболитов, мы обнаружили два интересных гена-кандидата в областях пика цитрата: STAB2 в положении 84 SSC 5.3 Мб и MFHAS1 на SSC ​​15 позиция 63,7 Мб. Десять SNP в положении 63,7 Мб SSC 15 были связаны как с MFHAS1 ( p = 8,2 × 10 -12 ), так и с цитратом ( p = 3,4 × 10 -4 ). Восемь значимых маркеров, связанных с STAB2 ( p = 1,1 × 10 -7 –1,1 × 10 -6 ), также были связаны не только с цитратом, но также с малатом, сукцинатом, пируватом и D — фруктоза ( p = 8.9 × 10 -3 –4,4 × 10 -4 ). Эти метаболиты, в основном относящиеся к циклу лимонной кислоты, также отрицательно коррелировали с STAB2 ( r = 0,21–0,31; p = 2,4 × 10 -4 –5,3 × 10 -8 ). Анализ плейотропной ассоциации уровней транскриптов как STAB2 , так и MFHAS1 , а также метаболитов цитрата, малата, сукцината, пирувата и D -фруктозы показал 47 маркеров, расположенных на SSC ​​5, причем 15 достигают порога значимости 5%. ФДР (рис. 8С).Другим интересным транскриптом был RBBP9 , который отрицательно коррелировал с рибозо-5-фосфатом ( r = 0,16; p = 4,5 × 10 -3 ) и D -глюкозо-6-фосфатом (9 r r = 0,16; 0,30; p = 2,9 × 10 -7 ). Уровни транскрипта RBBP9 были связаны с 6 SNP, которые также были связаны как с рибозо-5-фосфатом, так и с D -глюкозо-6-фосфатом.

Обсуждение

Улучшенное понимание негенетической и генетической регуляции уровней метаболитов облегчает их интерпретацию в качестве биомаркеров сложных признаков, связанных с метаболическим статусом, а также с точки зрения экзогенных и эндогенных воздействий на фенотипы.Более того, выявление связей между генетическими полиморфизмами и уровнями транскриптов и метаболитов способствует выяснению биомаркеров, являющихся причиной или следствием изменений метаболических путей. Однако интерпретация данных mQTL требует усилий из-за того, что многие метаболиты участвуют в различных путях. Здесь мы исследовали набор метаболитов, в основном аминокислот, углеводов и нуклеотидов, в полярной фазе экстрактов печени.

Корреляция между биохимическими и клиническими признаками, транскриптами и метаболитами

Чтобы понять взаимосвязь между экспрессией генов, уровнями метаболитов и биохимико-клиническими признаками с использованием подхода системной генетики (Civelek and Lusis, 2014), мы объединили эти данные, полученные от одних и тех же свиней, путем расчета парных корреляций и WGCNA.Мы обнаружили значительные внутри- и межклассовые корреляции между метаболитами, особенно аминокислотами и углеводами, отражающие общие биохимические пути или регуляторные взаимодействия с иммунным и биосинтезом холестерина. Наличие значительных корреляций между классифицированными метаболитами и биологической функцией транскриптов коэкспрессии, по-видимому, отражает либо множественные роли метаболитов, либо взаимодействие между метаболическими путями и иммунной системой. Корреляция метаболитов с транскриптами может быть обусловлена ​​ферментами, рецепторами и сигналами путей, кодируемыми соответствующими генами, или регуляторными факторами, влияющими на экспрессию генов.Мы определили множество ассоциаций, которые показывают, что подход подходит для выявления биологически значимых связей между вариациями на уровне генома, транскриптома и метаболома с клинически значимыми фенотипами. Таким образом, у этого подхода есть потенциал для обнаружения новых биомаркеров при рассмотрении вклада экзогенных и эндогенных факторов в индивидуальную изменчивость.

Например, D -эритрозо-4-фосфат, фруктозо-6-фосфат, D -рибозо-5-фосфат и D -седогептулозо-7-фосфат, которые относятся к PPP, сильно отрицательно коррелировали с уровнями транскриптов HDAC4 .PPP является одним из фундаментальных компонентов клеточного углеводного обмена и особенно важен для раковых клеток (Kowalik et al., 2017). Мы подтвердили связь, измерив соотношение НАДФ/НАДФН и концентрацию НАДФН, основным источником которой является ПФП, а также экспрессию HDAC4 и G6PD . Здесь мы показываем ассоциацию PPP и HDAC4 у здоровых животных, указывая на возможную эпигенетическую связь между гистон-модифицирующим HDAC4 и управляющим PPP G6PD . NMRAL1 , который кодирует сенсорный белок NADPH, является еще одним транскриптом, отрицательно коррелирующим с метаболитами PPP и вносящим вклад в регуляцию окислительной фазы PPP (Barcia-Vieitez and Ramos-Martínez, 2014). Кроме того, было показано, что нокдаун HDAC4 с использованием РНКи связан с увеличением экспрессии G6PD .

Печень играет центральную роль в процессах гликогенеза, гликогенолиза и глюконеогенеза и, таким образом, в гомеостазе глюкозы (Nordlie et al., 1999). Наши результаты показывают, что GLU плазмы сильно положительно коррелирует с D -глюкозой печени. Это также согласуется с выводом о том, что уровни транскриптов как HDAC4 , так и NMRAL1 отрицательно коррелируют с GLU плазмы и D -глюкозой в печени, причем последние два имеют положительную корреляцию.

Многие транскрипты положительно коррелируют с GLU плазмы, а также коррелируют с метаболитами печени, такими как CMP и IMP, включая THRSP, SCD и GPAM , большинство из которых участвует в метаболизме липидов.Белок, отвечающий за гормоны щитовидной железы (THRSP), участвует в липогенных процессах и связан с ожирением (Ortega et al., 2010) и дифференцированным внутримышечным жиром у крупного рогатого скота (Hudson et al., 2015). Стеароил-КоА-десатураза ( SCD ) является ферментом, ограничивающим скорость биосинтеза жирных кислот, и, таким образом, играет важную роль в печеночном липогенезе и окислении липидов. Глицерол-3-фосфатацилтрансфераза ( GPAM ) кодирует митохондриальный фермент, который преимущественно принимает насыщенные жирные кислоты в качестве субстратов для синтеза глицеролипидов.Вместе мы показываем связь между метаболитами печени и транскриптами, участвующими в метаболизме липидов, и биохимически-клиническими характеристиками плазмы.

Мы обнаружили, что уровни кортизола в плазме отрицательно коррелируют с метаболитами печени, которые в основном участвуют в метаболизме глюкозы. Уровни кортизола в плазме также положительно коррелировали с метаболитами печени, такими как CMP, IMP и GMP, которые, в свою очередь, коррелировали с транскриптами, участвующими в метаболизме липидов. Этот вывод подтверждает наше предыдущее исследование, в котором мы продемонстрировали эти связанные биологические функции и молекулярные пути с использованием интегративного мультиомного подхода (Ponsuksili et al., 2012).

Введение двух нуклеотидов, CMP и UMP, способствует поступлению глюкозы в мышцы и поддержанию уровня гликогена в печени во время физических упражнений (Gella et al., 2008). Интересно, что мы обнаружили, что опосредованный кортизолом гомеостаз липидного и углеводного обмена в печени был связан с уровнями транскриптов CREM . Обилие транскриптов CREM отрицательно коррелировало с GLU плазмы и метаболитами печени углеводного обмена ( D -фруктоза, D -глюкоза, рибозо-5-фосфат, эритрозо-4-фосфат, седогептулозо-7-фосфат и лактат) и, в то же время положительно коррелирует с уровнем кортизола. CREM кодирует транскрипционный фактор, который связывается с чувствительными к цАМФ элементами для обеспечения передачи сигнала во время сложных процессов (Kirchhof et al., 2013; Ella et al., 2014). Предыдущие исследования показали, что мышей с нокаутом Crem демонстрируют менее тревожное поведение, чем мыши дикого типа (Maldonado et al., 1999). CREM участвует в развитии рака (Passon et al., 2012) и циркадной регуляции синтеза холестерина в печени (Acimovic et al., 2008). Вместе наши результаты связывают уровни гормонов в плазме с уровнями метаболитов и транскриптов в печени.

ARG2 кодирует аргиназу, которая является ферментом последней стадии цикла орнитин-мочевина, превращающим L -аргинин в L -орнитин и мочевину. В настоящем исследовании экспрессия ARG2 сильно коррелировала с большинством аминокислот, включая L -изолейцин, L -лейцин, L -лизин, L -метионин, L -орнитин36, -лейцин36. L -пролин и L -валин. Эти аминокислоты также отрицательно коррелировали с CREA плазмы.Уровни транскрипта ARG2 также отрицательно коррелировали с CREA в плазме и положительно коррелировали с BUN в плазме. Arg2 -/- мыши имеют более низкие уровни CREA и BUN в плазме после повреждения почек (Raup-Konsavage et al., 2017). Наше исследование показывает, что ARG2 играет центральную роль для большинства метаболитов аминокислот в печени и связан с биохимическими свойствами крови.

Наше исследование подчеркивает ценность интеграции данных, полученных от одних и тех же животных, с различных уровней омики, включая транскриптом, метаболом и биохимически-клинические признаки, которые имеют общие биологические пути или функции.Мы обнаружили, что эпигенетические модификации, опосредованные HDAC4 , могут играть значительную роль в ППС. Кроме того, метаболиты печени нуклеотидного класса связываются с транскриптами, участвующими в метаболизме липидов и кортизола. Наконец, важные транскрипты, такие как ARG2 , связывают большинство аминокислот в печени и биохимически-клинические признаки, включая CREA и BUN.

Всесторонние скрининги метаболитов в модели свиней выявили новые ассоциации между уровнями транскриптов, метаболитами и биохимически-клиническими признаками.В нескольких исследованиях изучалась генетическая регуляция метаболитов, служащих биомаркерами заболеваний (Illig et al., 2010; Wang et al., 2011; McMahon et al., 2017; Zhang et al., 2017). Однако в большинстве исследований измеряли метаболиты в сыворотке крови или моче, тогда как немногие были сосредоточены на генетической регуляции метаболитов в других тканях, таких как печень или жир (Ghazalpour et al., 2014; Parks et al., 2015). В этом исследовании мы объединили генетически регулируемые метаболиты печени, транскрипты печени (mQTL и eQTL) и биохимически-клинические признаки плазмы.Мы отдали приоритет генам на основе цис-eQTL. Для полногеномных значимых локусов, связанных с транс-4-гидрокси- L -пролином, мы идентифицировали PRODh3 как значимо связанные с одними и теми же SNP. Кроме того, мы продемонстрировали, что эти SNP проявляют плейотропные эффекты, одновременно влияя на экспрессию транс-4-гидрокси- L -пролина и PRODh3 . Кроме того, мы идентифицировали PRODh3 как ген-кандидат с высокой степенью достоверности в локусе, связанном с транс-4-гидрокси- L -пролином, что, в свою очередь, сильно коррелирует с CREA плазмы.Транс-4-гидрокси- L -пролин метаболизируется в печени и почках (Knight et al., 2009). Пролиндегидрогеназа 2 ( PRODh3 ) катализирует первую ферментативную стадию катаболического пути гидроксипролина в митохондриях печени и почек. Кроме того, сообщается, что PRODh3 является молекулярной мишенью для лечения первичной гипероксалурии (Summitt et al., 2015). Мутации в PRODh3 вызывают у человека гидроксипролинемию, которая препятствует дегидрированию гидроксипролина в дельта-1-пиролин-3-гидрокси-5-карбоновую кислоту (Staufner et al., 2016).

В этом исследовании мы обнаружили крайне отрицательную корреляцию между DPYS и 3-гидроксимасляной кислотой и определили три SNP, регулирующих оба. Кроме того, мы обнаружили, что 3-гидроксимасляная кислота коррелирует с кортизолом. DPYS кодирует дигидропиримидиназу, которая является вторым ферментом пути деградации пиримидина. Тот факт, что у пациентов с дефицитом дигидропиримидиназы в основном наблюдаются неврологические и желудочно-кишечные нарушения (van Kuilenburg et al., 2010), а также то, что гидроксимасляная кислота проходит через гематоэнцефалический барьер в центральную нервную систему (Sleiman et al., 2016) указывают на возможную связь между DPYS и гидроксимасляной кислотой. Наше исследование предоставляет дополнительные доказательства этой связи. Однако показанная здесь связь с кортизолом является новой и до сих пор неясной.

IGF-связывающий белок-3 ( IGFBP-3 ) является основным белком-носителем IGF-1 и играет роль в развитии рака, апоптоза и патогенеза ишемической реперфузии после повреждения печени (Lee et al., 2014; Zhou et al. и др., 2015; Ван и др., 2017). Высокий уровень IGFBP-3 влияет на миогенез и усиливает деградацию мышечного белка (Huang et al., 2016). У пациентов с неалкогольным стеатогепатитом повышен уровень аланина в печени (Kim et al., 2017). В этом исследовании мы впервые обнаружили связь между генетически регулируемыми уровнями аланина (mQTL) и IGFBP-3 (cis-eQTL)x.

Генетически регулируемые метаболиты, принадлежащие к цитратному циклу ( D -фруктоза, малат, сукцинат, пируват и цитрат), имеют общие SNP, которые также связаны с уровнями транскриптов STAB2 и MFHAS1 (cis-eQTL).Биологическая функция обоих транскриптов, связанных через общие SNP и с метаболитами печени, до сих пор неизвестна. Здесь SNP, расположенные в положении 27,4 Mb SSC 17, были связаны с уровнями транскриптов RBBP9 (cis-eQTL), а также с уровнями рибозо-5-фосфата и глюкозо-6-фосфата, обоих метаболитов PPP. Глюкокиназа фосфорилирует глюкозу до глюкозо-6-фосфата в печени в качестве субстрата для нескольких метаболических путей, включая PPP, что особенно важно в быстро делящихся клетках, таких как раковые клетки, для репликации ДНК.Кроме того, в предыдущих исследованиях сообщалось о связывающем ретинобластому белке 9 ( RBBP9 ), который представляет собой ассоциированный с опухолью белок при неоплазии поджелудочной железы, влияющий на контроль клеточного цикла и вносящий вклад в сигнальный путь TGF-β (Acimovic et al., 2008; Vorobiev et al. , 2012).

Заключение

Таким образом, это исследование является первым, в котором сочетаются метаболомика, транскриптомика и полногеномные ассоциативные исследования на модели свиньи. Наши результаты улучшают понимание генетической регуляции метаболитов, которые связаны с транскриптами и, наконец, с биохимико-клиническими параметрами.Кроме того, высокопроизводительное профилирование метаболитов как промежуточных фенотипов является потенциально мощным подходом к раскрытию того, как генетическая изменчивость влияет на метаболический статус и состояние здоровья. Наши результаты расширяют знания в областях, представляющих интерес для биомедицины и сельского хозяйства, и определяют потенциальные корреляты биомаркеров, SNP-метаболитов, SNP-транскриптов и биохимически-клинических признаков.

Заявление об этике

Процедуры ухода за животными и сбора тканей были одобрены Комитетом по уходу за животными Института биологии сельскохозяйственных животных имени Лейбница и проводились в соответствии с утвержденными руководящими принципами для обеспечения надлежащей научной практики в учреждениях Ассоциации Лейбница, и были приняты меры для минимизации боли и дискомфорта и в соответствии с рекомендациями, изложенными в Директиве Совета Европейского сообщества от 24 ноября 1986 г. (86/609/EEC).

Вклад авторов

SP и KW разработали исследование и интерпретировали данные. С.П. провел статистический и биоинформатический анализ и составил рукопись. FH помогал в анализе биоинформатики. EM и NT взяли пробы тканей и получили биохимически-клинические данные. KM и ML выполнили нецелевое метаболическое профилирование. FH, NT, EM, KM, ML и KW критически пересмотрели рукопись. Все авторы прочитали и одобрили окончательный вариант рукописи.

Финансирование

Работа выполнена за счет внутренних средств ФБН и получила дополнительное финансирование Федерального министерства образования и исследований (BMBF) в рамках проекта PHENOMICS (грант №0315536Ф).

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Авторы благодарят Joana Bittner, Nicole Gentz ​​и Annette Jugert за отличную техническую помощь.

Дополнительный материал

Дополнительный материал к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2019.00348/full#supplementary-material

Сноски

  1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov
  2. http://cytoscape.org

Каталожные номера

Acimovic, J., Fink, M., Pompon, D., Bjorkhem, I., Hirayama, J., Sassone-Corsi, P., et al. (2008). CREM модулирует циркадную экспрессию CYP51, HMGCR и холестерогенез в печени. Биохим. Биофиз. Рез. коммун. 376, 206–210.doi: 10.1016/j.bbrc.2008.08.126

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Адамски, Дж., и Сухре, К. (2013). Платформы метаболомики для полногеномных ассоциативных исследований — связывание генома с метаболомом. Курс. мнение Биотехнолог. 24, 39–47. doi: 10.1016/j.copbio.2012.10.003

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Барсия-Виейтес, Р., и Рамос-Мартинес, Дж. И. (2014). Регуляция окислительной фазы пентозофосфатного пути: новые ответы на старые проблемы. IUBMB Life 66, 775–779. doi: 10.1002/iub.1329

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Драйсма, Х. Х., Пул, Р., Кобл, М., Янсен, Р., Петерсен, А. К., Ваархорст, А. А., и соавт. (2015). Полногеномное ассоциативное исследование выявляет новые генетические варианты, способствующие изменению уровней метаболитов в крови. Нац. коммун. 6:7208. doi: 10.1038/ncomms8208

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Элла, Э., Хейм Д., Стоянов Э., Харари-Штайнфельд Р., Стейнфельд И., Паппо О. и соавт. (2014). Специфические геномные и транскриптомные аберрации в опухолях, вызванных частичной гепатэктомией хронически воспаленной мышиной печени. Онкотаргет 5, 10318–10331. doi: 10.18632/oncotarget.2515

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Франке А., Макговерн Д. П., Барретт Дж. К., Ван К., Рэдфорд-Смит Г. Л., Ахмад Т. и др. (2010). Полногеномный метаанализ увеличивает до 71 количество подтвержденных локусов предрасположенности к болезни Крона. Нац. Жене. 42, 1118–1125. doi: 10.1038/ng.717

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Гелла, А., Понсе, Дж., Куссо, Р., и Дюрани, Н. (2008). Влияние нуклеотидов ЦМФ и УМФ на утомление крыс при физической нагрузке. Журнал физиол. Биохим. 64, 9–17. дои: 10.1007/BF03168230

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Газалпур, А., Беннетт, Б.Дж., Ших, Д., Че, Н., Ороско, Л., Пан, С., и соавт.(2014). Генетическая регуляция уровней метаболитов печени мышей. Мол. Сист. биол. 10:730. doi: 10.15252/msb.20135004

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Гигер К., Гейстлингер Л., Альтмайер Э., де Анджелис М. Х., Кроненберг Ф., Мейтингер Т. и соавт. (2008). Генетика встречается с метаболомикой: полногеномное ассоциативное исследование профилей метаболитов в сыворотке крови человека. Генетика PLoS. 4:e1000282. doi: 10.1371/journal.pgen.1000282

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Хофген, Р.и Никифорова В.Дж. (2008). Метаболомика, интегрированная с транскриптомикой: оценка системной реакции на стресс дефицита серы. Физиол. Завод 132, 190–198. doi: 10.1111/j.1399-3054.2007.01012.x

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Huang, X.Y., Huang, Z.L., Yang, J.H., Xu, Y.H., Sun, J.S., Zheng, Q., et al. (2016). IGFBP-3, полученный из клеток рака поджелудочной железы, способствует истощению мышц. Дж. Экспл. клин. Рак рез. 35:46.doi: 10.1186/s13046-016-0317-z

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Хадсон, Нью-Джерси, Ревертер, А., Гринвуд, П.Л., Го, Б., Кафе, Л.М., и Далримпл, Б.П. (2015). Продольные паттерны экспрессии мышечных генов, связанные с дифференциальным внутримышечным жиром у крупного рогатого скота. Животное 9, 650–659. дои: 10.1017/S1751731114002754

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Иллиг, Т., Гигер, К., Жай, Г., Ромиш-Маргл, В., Wang-Sattler, R., Prehn, C., et al. (2010). Полногеномная перспектива генетической изменчивости метаболизма человека. Нац. Жене. 42, 137–141. doi: 10.1038/ng.507

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Джонсон, Дж. М., Ю, Т., Стробел, Ф. Х., и Джонс, Д. П. (2010). Практический подход к обнаружению уникальных метаболических паттернов для персонализированной медицины. Аналитик 135, 2864–2870. дои: 10.1039/c0an00333f

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Карновский А., Weymouth, T., Hull, T., Tarcea, V.G., Scardoni, G., Laudanna, C., et al. (2012). Инструмент биоинформатики Metscape 2 для анализа и визуализации данных метаболомики и экспрессии генов. Биоинформатика 28, 373–380. doi: 10.1093/биоинформатика/btr661

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Kathiresan, S., Willer, C.J., Peloso, G.M., Demissie, S., Musunuru, K., Schadt, E.E., et al. (2009). Общие варианты в 30 локусах способствуют полигенной дислипидемии. Нац. Жене. 41, 56–65. doi: 10.1038/ng.291

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Kim, T.H., Jun, H.Y., Kim, K.J., Lee, Y.H., Lee, M.S., Choi, K.H., et al. (2017). Аланин в печени отличает неалкогольный стеатогепатит от простого стеатоза у людей и мышей: исследование протонной МР-спектроскопии с длительным временем эхо-сигнала. Дж. Магн. Резон. Изображение 46, 1298–1310. doi: 10.1002/jmri.25673

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Кирххоф, П., Marijon, E., Fabritz, L., Li, N., Wang, W., Wang, T., et al. (2013). Сверхэкспрессия модулятора цАМФ-ответного элемента вызывает аномальный рост и развитие предсердного миокарда, что приводит к возникновению устойчивой фибрилляции предсердий у мышей. Междунар. Дж. Кардиол. 166, 366–374. doi: 10.1016/j.ijcard.2011.10.057

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Найт, Дж., Истер, Л.Х., Нейберг, Р., Ассимос, Д.Г., и Холмс, Р.П. (2009). Повышенное потребление белка на диете с контролируемым содержанием оксалатов не увеличивает экскрецию оксалатов с мочой. Ур. Рез. 37, 63–68. doi: 10.1007/s00240-009-0170-z

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Lee, H.S., Woo, S.J., Koh, H.W., Ka, S.O., Zhou, L., Jang, K.Y., et al. (2014). Регуляция апоптоза и воспалительных реакций инсулиноподобным фактором роста, связывающим белок 3, в фибробластоподобных синовиоцитах и ​​экспериментальных животных моделях ревматоидного артрита. Артрит Ревматолог. 66, 863–873. дои: 10.1002/арт.38303

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Мальдонадо, Р., Smadja, C., Mazzucchelli, C., Sassone-Corsi, P., and Mazuchelli, C. (1999). Измененные эмоциональные и двигательные реакции у мышей с дефицитом транскрипционного фактора CREM. Проц. Натл. акад. науч. США 96, 14094–14099. doi: 10.1073/pnas.96.24.14094

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

McMahon, G.M., Hwang, S.J., Clish, C.B., Tin, A., Yang, Q., Larson, M.G., et al. (2017). Метаболиты с мочой наряду с распространенными и редкими генетическими вариациями связаны с хроническим заболеванием почек. Почки, внутр. 91, 1426–1435. doi: 10.1016/j.kint.2017.01.007

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Николсон Г., Ранталайнен М., Ли Дж. В., Махер А. Д., Мальмодин Д., Ахмади К. Р. и соавт. (2011). Полногеномный метаболический анализ QTL у европейцев выявил два локуса, сформированных недавним положительным отбором. Генетика PLoS. 7:e1002270. doi: 10.1371/journal.pgen.1002270

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Нордли, Р.C., Фостер, Дж. Д., и Ланге, А. Дж. (1999). Регуляция продукции глюкозы печенью. год. Преподобный Нутр. 19, 379–406. doi: 10.1146/annurev.nutr.19.1.379

Полнотекстовая перекрестная ссылка | Академия Google

Ортега, Ф. Дж., Васкес-Мартин, А., Морено-Наваррете, Дж. М., Бассолс, Дж., Родригес-Эрмоса, Дж., Жиронес, Дж., и др. (2010). Пятно 14, чувствительное к гормонам щитовидной железы, увеличивается во время дифференцировки адипоцитов человека, и его экспрессия подавляется у людей с ожирением. Междунар. Дж. Обес. 34, 487–499. doi: 10.1038/ijo.2009.263

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Parks, B.W., Sallam, T., Mehrabian, M., Psychogios, N., Hui, S.T., Norheim, F., et al. (2015). Генетическая архитектура резистентности к инсулину у мышей. Клеточный метаб. 21, 334–346. doi: 10.1016/j.cmet.2015.01.002

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Пассон, Н., Пуппин, К., Лавароне, Э., Брегант, Э., Franzoni, A., Hershman, J.M., et al. (2012). Модулятор циклического AMP-ответного элемента ингибирует промоторную активность гена симпортера йодида натрия в клетках рака щитовидной железы. Щитовидная железа 22, 487–493. doi: 10.1089/thy.2011.0360

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Понсуксили С., Ду Ю., Мурани Э., Шверин М. и Виммерс К. (2012). Выяснение молекулярных сетей, которые либо влияют, либо реагируют на концентрацию кортизола в плазме в тканях-мишенях печени и мышц. Генетика 192, 1109–1122. doi: 10.1534/genetics.112.143081

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Понсуксили С., Мурани Э., Бранд Б., Шверин М. и Виммерс К. (2011). Интеграция профилирования экспрессии и ассоциации всего генома для анализа признаков жира в модели свиньи. J. Lipid Res. 52, 668–678. doi: 10.1194/jlr.M013342

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Понсуксили, С., Siengdee, P., Du, Y., Trakooljul, N., Murani, E., Schwerin, M., et al. (2015). Идентификация общих регуляторов генов в сетях коэкспрессии, влияющих на свойства мышц и мяса. PLoS One 10:e0123678. doi: 10.1371/journal.pone.0123678

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Понсуксили С., Тракоолджул Н., Хадлич Ф., Хаак Ф., Мурани Э. и Виммерс К. (2016). Генетически регулируемые печеночные транскрипты и пути определяют гематологические, биохимические и особенности состава тела. науч. Респ. 6:39614. дои: 10.1038/srep39614

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Рауп-Консаваж, В. М., Гао, Т., Купер, Т. К., Моррис, С. М. Дж., Ривз, В. Б., и Авад, А. С. (2017). Аргиназа-2 опосредует почечную ишемию/реперфузионное повреждение. утра. Дж. Физиол. почечная. Физиол. 313, Ф522–534. doi: 10.1152/ajprenal.00620.2016

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Шин С.Ю., Фауман Э.B., Petersen, A.K., Krumsiek, J., Santos, R., Huang, J., et al. (2014). Атлас генетических влияний на метаболиты крови человека. Нац. Жене. 46, 543–550. doi: 10.1038/ng.2982

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Сулейман С.Ф., Генри Дж., Аль-Хаддад Р., Эль Хайек Л., Абу Хайдар Э., Стрингер Т. и др. (2016). Упражнения способствуют экспрессии нейротрофического фактора головного мозга (BDNF) за счет действия β-гидроксибутирата кетоновых тел. eLife 5:e15092. doi: 10.7554/eLife.15092

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Staufner, C., Haack, T.B., Feyh, P., Gramer, G., Raga, D.E., Terrile, C., et al. (2016). Генетическая причина и распространенность гидроксипролинемии. Дж. Наследовать. Метаб. Дис. 39, 625–632. doi: 10.1007/s10545-016-9940-2

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Summitt, C.B., Johnson, L.C., Jönsson, T.J., Parsonage, D., Холмс, Р. П., и Лоутер, В. Т. (2015). Пролиндегидрогеназа 2 (PRODh3) представляет собой гидроксипролиндегидрогеназу (HYPDH) и молекулярную мишень для лечения первичной гипероксалурии. Биохим. J. 466, 273–281. дои: 10.1042/BJ20141159

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

van Kuilenburg, A.B., Dobritzsch, D., Meijer, J., Meinsma, R., Benoist, J.F., Assmann, B., et al. (2010). Дефицит дигидропиримидиназы: фенотип, генотип и структурные последствия у 17 пациентов. Биохим. Биофиз. Acta 1802, 639–648. doi: 10.1016/j.bbadis.2010.03.013

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Воробьев С.М., Хуанг Ю.Дж., Ситхараман Дж., Сяо Р., Актон Т.Б., Монтелионе Г.Т. и др. (2012). Белок 9, связывающий ретинобластому человека, серингидролазу, участвующую в развитии рака поджелудочной железы. Протеин Пепт. лат. 19, 194–197. дои: 10.2174/06127956

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ван, Т.Дж., Ларсон М.Г., Васан Р.С., Ченг С., Ри Э.П., Маккейб Э. и соавт. (2011). Метаболитные профили и риск развития диабета. Нац. Мед. 17, 448–453. дои: 10.1038/nm.2307

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Wang, Y.A., Sun, Y., Palmer, J., Solomides, C., Huang, L.C., Shyr, Y., et al. (2017). IGFBP3 модулирует онкогенез легких и рост клеток посредством передачи сигналов IGF1. Мол. Рак рез. 15, 896–904. дои: 10.1158/1541-7786.МКР-16-0390

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ву, Х., Саутэм, А.Д., Хайнс, А., и Виан, М.Р. (2008). Протокол высокопроизводительной экстракции тканей для метаболомики на основе ЯМР и МС. Анал. Биохим. 372, 204–212. doi: 10.1016/j.ab.2007.10.002

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ябушита С., Фукамачи К., Танака Х., Фукуда Т., Сумида К., Дегучи Ю. и другие. (2013). Метаболомное и транскриптомное профилирование трансгенных крыс с онкогеном K-ras человека с аденокарциномами протоков поджелудочной железы. Канцерогенез 34, 1251–1259. doi: 10.1093/carcin/bgt053

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Ян, С., Чаплински, Т.Дж., Энгл, Н.Л., Кэрролл, С.Л., Мартин, С.Л., Дэвисон, Б.Х., и соавт. (2009). Транскриптомное и метаболомное профилирование Zymomonas mobilis во время аэробной и анаэробной ферментации. BMC Геном. 10:34. дои: 10.1186/1471-2164-10-34

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Чжан, Г., Сайто Р. и Шарма К. (2017). Подход метаболита-GWAS (mGWAS) для выявления прогрессирования хронической болезни почек. Почки, внутр. 91, 1274–1276. doi: 10.1016/j.kint.2017.03.022

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Чжоу, Л., Кох, Х.В., Бэ, У.Дж., и Парк, Б.Х. (2015). Обострение постишемического повреждения печени за счет сверхэкспрессии белка, связывающего инсулиноподобный фактор роста 3. Sci. Респ. 5:11231. дои: 10.1038/srep11231

Реферат PubMed | Полный текст перекрестной ссылки | Академия Google

Химия и биохимия — Высшая школа UM

предлагаемые степени

Прием

Инструкции по подаче заявления

  • Подача заявления о приеме в аспирантуру по химии представляет собой двухэтапный процесс :
  1. Первый: Заполните онлайн-заявку (https://www.applyweb.com/apply/uomont/menu.html) В рамках этого процесса кандидаты должны выполнить следующие действия:
    1. Все лица, не являющиеся носителями языка, должны сдать экзамен TOEFL или IELTS и предоставить результаты на факультет химии и биохимии.
    2. Самоотчет обо всех колледжах и университетах, которые посещал (включая средний балл)
    3. 3 Рекомендательные письма.
    4. Личное заявление, описывающее ваш опыт, цели, исследовательские интересы, мотивацию и вашу пригодность для работы в отделе.Кандидаты должны указать преподавателей, в исследованиях которых они заинтересованы, и им рекомендуется связаться с преподавателями непосредственно до истечения крайнего срока. Заявление должно быть не более двух страниц.
    5. Загрузить резюме
    6. Оплатить регистрационный сбор.
  2. Второй: Запросить официальные результаты и две официальные стенограммы:
    1. Запросите, чтобы на кафедру химии и биохимии были отправлены официальные стенограммы из всех колледжей и университетов, которые вы посещали (за исключением Университета Монтаны). Стенограммы также могут передаваться в электронном виде через Национальный информационный центр для студентов.

Сроки приема

  • Осень. Приоритет будет отдан полным пакетам приложений, отправленным до 15 декабря -го -го. Полные пакеты приложений, полученные после этой даты, будут рассматриваться в зависимости от наличия свободного места.
  • Весна. Приоритет будет отдан полным пакетам приложений, отправленным до 15 сентября -го -го. Полные пакеты приложений, полученные после этой даты, будут рассматриваться в зависимости от наличия свободного места.

Веб-сайт отдела

Местоположение кампуса
Химический корпус – кабинет 115

Служба экспресс-доставки Federal Express — улица, адрес
32 Campus Drive #1656
Missoula, MT 59812-1656

Координатор по набору выпускников
(406) 243-4022
Факс: (406) 243-4227
[email protected]

Кафедра набора выпускников
Профессор Кент Сагден
(406) 243-4022
кент[email protected]

дивизионный экзамен

FR — Стенограмма средней школы | Прием в бакалавриат

Стенограммы должны быть получены или отправлены почтовым штемпелем до истечения срока подачи заявок, чтобы они были рассмотрены для приема.

ОФИЦИАЛЬНЫЕ СТЕНКИ (ПРЕДПОЧТИТЕЛЬНО):

Официальная стенограмма (предпочтительно) включает официальную печать школы или подпись школьного администратора и либо отправляется непосредственно из школы, либо представляется в конверте, запечатанном школой.

НЕОФИЦИАЛЬНЫЕ ЗАПИСИ: 

Неофициальных стенограмм достаточно для заполнения вашего файла заявки, однако обратите внимание, что окончательная регистрация в Бейлоре зависит от получения официальной стенограммы.Если вы хотите отправить неофициальную расшифровку для заполнения файла заявки, просто загрузите отсканированную копию в свою учетную запись goBAYLOR или отправьте электронное письмо по адресу на адрес допуска@baylor.edu и приложите в качестве вложения.


КАК МЫ ПРИНИМАЕМ ИХ:

Электронные копии  являются официальными только в том случае, если они отправлены из безопасного источника (например, Parchment, Naviance, TRex, Slate.org, Scribbles, National Clearinghouse, SCOIR и Greenlight). Электронные транскрипты обрабатываются в течение 3-5 дней.Примечание. Из-за проблем, вызванных COVID-19, Бэйлор будет принимать стенограммы, отправленные по электронной почте напрямую от школьного консультанта или регистратора на адрес [email protected] в качестве официальных. Копии и факсы не принимаются.

Бумажные стенограммы могут быть отправлены по следующему адресу и обработаны в течение 2-4 недель.

Университет Бейлора
Прием в бакалавриат
Место одного медведя #97056
Вако, Техас 76798


ТРЕБОВАНИЯ:

В вашей расшифровке должно быть указано: 

  • Наименование
  • Оценки, полученные до конца младшего года обучения
  • ГПД

Вы увидите галочку в своей учетной записи goBAYLOR после того, как мы просмотрим вашу выписку и решим, что она соответствует требованиям.


ОБЫЧНЫЕ ЗАДЕРЖКИ В ОБРАБОТКЕ: 

Если вы пропустите что-либо из следующего, вы получите новый элемент контрольного списка в своей учетной записи goBAYLOR. Это должно быть решено, чтобы быть рассмотренным для поступления.

  • Отсутствующие оценки из 9, 10, 11 или осенних выпускных классов
  • Зачет/незачет для весны младшего года приемлем, но нам нужно увидеть оценки за осень 2019 года в вашей стенограмме.
    • Если ваша школа не может предоставить оценки за осенний семестр 2019 г., мы просим учащегося представить оценки за осенний семестр 2020 г. для проверки.
    • Заявки на раннее принятие решения будут отправлены на рассмотрение, если они подпадают под этот сценарий, но мы можем обеспечить ускоренное рассмотрение после завершения.

ТРЕБОВАНИЯ К ВЫПУСКНОМУ ВЫПУСКУ СТАРШЕЙ ШКОЛЫ: 

Для зачисления в Бэйлор требуется официальный аттестат об окончании средней школы в качестве доказательства окончания учебы.